1、關於朱晶晶的死亡真相，結局中，朱朝陽帶警察又回到少年宮的五樓，他回憶自己把手從窗臺外面收回，普普說：她要摔下去了。但朱朝陽現實中對警察說：她摔下去了。
2、原著小說《壞小孩》中共死了九個人。分別是張東昇，張東昇的岳父母、妻子，朱朝陽的父親朱永平、朱永平的第二任妻子王瑤以及他們的女兒朱晶晶，丁浩（即劇中的嚴良）和普普。其中，朱朝陽殺害了朱晶晶和張東昇，其他人都是張東昇所害，而朱永平和王瑤的死，更是朱朝陽脅迫張東昇殺的。
3、大結局有多處暗示普普的結局：普普吸入貓毛哮喘發作，張東昇撥打急救電話求救，最終也沒有報出地址，此後再也沒有普普的戲份和鏡頭。
電視劇《隱秘的角落》結局，雖然表面上看起來很美好，皆大歡喜， 但是隱藏在美好表象下，還有另一個殘酷的結局，那就是三個小孩裡，嚴良和普普已經死了，老陳或許也不在了。
以下是具體的分析與解讀：
1、開場動畫三個小人被追殺，最後只剩下一個躲在黑暗裡。
2、普普哮喘發作，張東昇產生的一絲惻隱之心在聽到醫院問及地址立馬就消散了，掛了電話。
這樣不願跟三孩子扯上關係的他，可能會把普普送到醫院嗎?
何況當時普普已經昏厥過去，吸氧都不能，送去也很難說來得及了。後面她也再沒出現過。
有個花絮，張東昇一個人吃著三份麥當勞套餐痛哭，之前他答應過帶普普來點三份，這證明了普普的去世。不過這段被刪了。
3、朱朝陽在讀普普寫給他的信淚流滿面。
全劇他只哭過三次，之前都是很受傷的事。為何如此傷感?
4、嚴良在船上掉下去就死了。
老陳腹部重傷住院，上廁所都要老伴扶著，才幾天突然就能沒事人一樣下水救人 (在周邊那麼多警察的情況下讓他一個傷員下水救援就不科學) ，還及時趕上準確無誤救下了嚴良，這未免太像張東昇和朱朝陽口中的童話了。
如果仔細看可以看到他之前還是捂著肚子走，水裡撈起嚴良就安然無恙一般生龍活虎地給嚴良做心肺復甦，可以由此猜測，真實的老陳已經逝世。如果普普已死確立，那麼後面說普普配型成功的嚴良和老陳就更不真實了。
5、禮堂那個畫面彷彿天堂來客，配的音樂也是所謂的“陰間”音樂。
嚴良一個外校人淡定走進學校禮堂，全校師生跟沒看見一樣，只有朱朝陽轉過頭。
嚴良看朱朝陽的眼神明顯帶著不滿，作為一個算得上有正義感的人，他根本不原諒朱朝陽，如果這是朱朝陽幻想中的童話日記，那還是隱喻了一部分現實。 那就是證明了他作的惡，他複製卡的謊言與故意傳播害死了普普。溫暖的畫面配不安的音樂，漠然的與仇視的眼神的對視。
甚至在船上嚴良掛了那麼久，朱朝陽也並沒有伸手拉他一把，就這樣眼睜睜看著他掉下去。已經很明顯了。
6、朱晶晶的死已經算明喻了。
最後普普信裡說的這個真相她連嚴良都沒告訴，那對應她前幾集對嚴良說看見朱晶晶自己摔死了，就可以得出朱晶晶絕對不是意外摔死。要麼朱朝陽推下去，要麼他見死不救，有人猜測朱朝陽有看到朱晶晶掛在外面 (有衣物掛在外面) 並助推，不然只是冷眼旁觀的話，他與普普份量是一樣的，普普不必要在信裡說希望朱朝陽承認真相重新開始。
那個柔光畫面 (與普普回憶家人的濾鏡如出一轍，代表虛假與謊言) 朱朝陽探頭去看，隨後黑屏，出現一段小女孩的哭聲，再才是墜地聲。坐實了朱晶晶是在外面掛住了沒人救才摔下去的。
朱朝陽最後一集說出的後悔給他們開門也印證了他黑化後對朋友截然相反的態度。他黑化的幾個關鍵點一是被親爸猜忌，二是被後媽羞辱與王立三番兩次置其於死地，三是親眼目睹張東昇殺人現場 (質變的一次) 。
擔心嚴良在解決張東昇的事後主動自首暴露了自己，所以朱朝陽隱瞞了王立綁架自己和張東昇殺王立事件 (既能在親爹那刷好感，離間親爹與後媽關係，又能拉攏張東昇，利用他做儈子手除去自己要除掉的人) ，也開始對朋友目的不純，不擇手段。
他最後兩集兩次問嚴良“報警嗎”就有了殺意 (有趣的是剛開始看到殺人事件先提出報警的是朱朝陽，被不想送回福利院的嚴良阻止。而後面反過來，是朱朝陽不想嚴良報警) ，在看到張東昇與其他兩人“其樂融融”的情況下，他故意說複製卡的事，並禍水東引到嚴良。嘴上說著銷燬，但他清楚嚴良不會銷燬 (畢竟對殺人犯總有戒備心) ，因此嚴良必會被張東昇視為眼中釘除掉。
結尾他一通電話把兩人引到輪船上，說走到盡頭就可以看到自己，結果卻是讓張東昇和嚴良碰頭，導致他們打起來。
7、有個猜想是嚴良是在這裡(船上)被張東昇殺死的。
未成年人嚴良肯定打不過張東昇，就算打架經驗多，但張東昇畢竟殺過那麼多人，連王立這種坐過牢的地痞流氓都能幹掉。
而且當時張東昇已經掐住了嚴良脖子舉起了刀，按照這個動勢和張東昇殺人乾脆利落的性格放過他太奇怪了。也已經出現悲涼的配樂與嚴良遺言一類的話。後面那個嚴良可能就是朱朝陽想象出來的勸自己不要下手的正面形象，在他童話裡這是要當警察的人也說的過去。
普普屬於意外情況不在他計劃之內，但是他防備普普的一個重要原因就是擔心普普把朱晶晶事件告訴嚴良，所以結局看到信哭出來除了為她的死，還有就是愧疚感。
8、最後一次朱朝陽跟媽媽吃飯笑著說自己成績又是第一名，媽媽臉上已經沒有笑容。
在父親剛死的情況下還笑得出來跟母親講成績，朱朝陽已經沒那麼在乎父子情。
這個劇裡的母親直覺都很準 (包括沒有證據就死揪著朱朝陽不放的後媽) ，或許母親早就察覺到了兒子身上的變化超出了自己的控制，而無力挽回。
9、當初三人一起在船上飛往月球的美夢，終於變成了一個陰暗中孤獨生長的“旭日東昇”。
張東昇與朱朝陽有許多共通之處：都熱愛數學，都喜歡笛卡爾，相信事物的兩面性，有陽光的名字與陰暗的個性，都可以為了得到至親心目中的第一順位而對關係不好的親人痛下殺手，甚至都愛穿白襯衫。後期還有種亦師亦友的惺惺相惜之感。
在船上那番交接，也是徹底失敗的張東昇把這面陰暗的旗幟遞交到加強版自己朱朝陽手上的節點。
只是朱朝陽做的更不露聲色，成功將自己偽造成了一名受害者，以至於演得都感動了自己。
結局中，朱朝陽帶警察又回到少年宮的五樓，他回憶自己把手從窗臺外面收回，普普說：她要摔下去了。但朱朝陽現實中對警察說：她摔下去了。對應普普的信中：“少年宮的那件事，我從來沒有跟嚴良哥哥提起過，也不會告訴任何人，我會永遠替你保守這個秘密。”
之前嚴良知道的情況是—朱晶晶自己不慎墜樓。
可以想到，信中普普看見的秘密，可能是朱晶晶失足落下，但她抓住了窗臺，朱朝陽卻沒有施救，眼看著朱晶晶墜亡，甚至是朱朝陽推下了朱晶晶，這也與片頭動畫中雙手做“推”動作的小人吻合。