雨花石的產地主要是南京市六合區和儀徵市月塘鎮一帶，平時保養雨花石需要將它浸泡在水裡。而瑪瑙的產地眾多，中國、美國、墨西哥等多個國家都有產出瑪瑙，而保養瑪瑙需要避免高溫，同時要定期對其進行擦拭。
1、產地不同雨花石
產地不同是雨花石和瑪瑙的主要區別之一。雨花石其實是由石英、玉髓、燧石或蛋白石混合而成的，它的產地主要是南京市六合區和儀徵市月塘鎮一帶。而瑪瑙的是玉髓類礦物之一，中國、墨西哥、美國等多個國家都有產出瑪瑙。
2、名字來歷不同瑪瑙
名字來歷不同也是雨花石和瑪瑙的主要區別之一。相傳雨花石的名字起源於1400多年前，雲光法師在南京郊外講經感動上天后，落花為雨、花雨落地為石，故得名為雨花石。而瑪瑙是因為古人覺得瑪瑙的顏色和花紋像馬的腦子，因此將其命名瑪瑙。
3、保養方法不同雨花石
雨花石和瑪瑙的主要區別還在於保養方法。保養雨花石的常規方法是浸泡在水盆裡，或者是放入儲存玉石專用的袋子內，往裡面倒水並擠出空氣後密封儲存就可以。而保養瑪瑙要定期擦拭，同時要避免高溫環境。
雖然說水晶和瑪瑙的化學成分都是二氧化矽，但是水晶是石英結晶體，瑪瑙是多晶集合體。水晶的顏色一般比較淺，而瑪瑙的顏色自然純正，水晶的內部紋理呈棉絮狀，而瑪瑙內部有層狀的圓形條紋環帶。
1、晶體瑪瑙
水晶和瑪瑙化學成分都是二氧化矽，但是水晶是石英結晶體，瑪瑙是多晶集合體。水晶是由一個水晶整體組成，而瑪瑙是由無數個小的二氧化矽的晶體組成的，水晶的晶體是以瑪瑙為基礎的，一般有水晶的礦石就有瑪瑙。
2、顏色水晶
水晶的顏色一般較淺，呈透明狀，而瑪瑙的顏色自然純正，呈半透明狀。水晶的顏色有淺黃、淺黑色、褐紅色、粉紅色等，而瑪瑙的顏色有紅、黑、綠、藍等顏色，水晶的顏色透亮鮮豔，而瑪瑙的顏色是有漸變色的。
3.內部結構瑪瑙
水晶的內部有棉絮狀的紋理，而且不規則，大塊的水晶中還帶有少量的裂紋，如果將水晶做一個切口，斷口處油脂光澤。瑪瑙內部的紋理自然有規則，而且無雜質、無沙心、無裂紋，內部具有不同顏色的層狀圓形條紋環帶。
南紅瑪瑙和瑪瑙的區別在於原石、顏色、質地的不同，南紅瑪瑙通常外部是紅肉，內部是凍肉，紋路在轉折時十分的明顯，顏色鮮豔，美觀性較強，質地透亮接近玉石，瑪瑙則是內外部結構一致，呈現玻璃質感。
1、原石不同南紅瑪瑙通常是外部紅肉，裡面是凍肉，紋路十分的銳利，紋路在轉折等時候會有明顯的角度，十分清晰，其他瑪瑙則是內外結構一致，這也是判斷南紅瑪瑙玉瑪瑙區別之一。
2、顏色不同南紅瑪瑙相比其他瑪瑙更加鮮豔，比普通的紅瑪瑙也好看的多，美觀性強，南紅瑪瑙具有一定的油性，把玩時間越長柱子也就越紅亮有光澤。而普通瑪瑙的顏色相對於暗淡。
3、質地不同南紅瑪瑙和瑪瑙的質地也有所不同，南紅瑪瑙雖屬於瑪瑙的一種，但質地更接近玉石，仔細觀察時會發現色彩呈現透亮狀態，其他瑪瑙則是充滿玻璃感，這也是判斷南紅瑪瑙的方法之一。