食品微生物檢測一般檢查菌落總數、大腸菌群、黴菌、沙門氏菌、金黃色葡萄球菌等專案。食品微生物檢測是運用微生物學的理論與方法，檢驗食品中微生物的種類、數量、性質及其對人的健康的影響，以判別食品是否符合質量標準的檢測方法。
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食品微生物檢驗方法是食品質量管理必不可少的重要組成部分，它是貫徹“預防為主”的方針，可以有效地防止或者減少食物人畜共患病的發生，保障人民的'身體健康。食品微生物檢驗是衡量食品衛生質量的重要指標之一，也是判定被檢食品是否食用的科學依據之一。
食品微生物檢測一般檢查菌落總數、大腸菌群、黴菌、沙門氏菌、金黃色葡萄球菌等專案。食品微生物檢測是運用微生物學的理論與方法，檢驗食品中微生物的種類、數量、性質及其對人的健康的影響，以判別食品是否符合質量標準的檢測方法。
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食品微生物檢驗方法是食品質量管理必不可少的重要組成部分，它是貫徹“預防為主”的方針，可以有效地防止或者減少食物人畜共患病的發生，保障人民的'身體健康。食品微生物檢驗是衡量食品衛生質量的重要指標之一，也是判定被檢食品是否食用的科學依據之一。
我國衛生部頒佈的食品微生物指標有菌落總數、大腸菌群和致病菌三項。
1、菌落總數
菌落總數是指食品檢樣經過處理，在一定條件下培養後所得1克或1毫升檢樣中所含細菌菌落的總數。
2、大腸菌群
大腸菌群包括大腸桿菌和產氣桿菌的一些中間型別的細菌。
3、致病菌
致病菌既能夠引起人們發病的細菌。
4、黴菌及其毒素
我國還沒有制定出黴菌的具體指標，鑑於有很多黴菌能夠產生毒素，引起疾病，故應該對產毒黴菌進行檢驗。
5、其它指標
微生物指標還應包括病毒，肝炎病毒、豬瘟病毒、雞新城疫病毒、馬立克氏病毒、口蹄疫病毒，狂犬病病毒，豬水泡病毒等；另外，從食品檢驗的角度考慮，寄生蟲也被列為微生物檢驗的指標。
1、營養成分種類是否豐富。如蛋白質、脂肪、碳水化合物、膳食纖維、各類維生素、礦物質等營養成分的含有量；
2、分類營養素價值。如蛋白質的吸收率、脂肪中的飽和與不飽和脂肪酸比例、礦物質是否是以易吸收的形式存在等；
3、食物來源是否經濟，例如雞蛋、海參等都含有比較豐富的氨基酸，但雞蛋是更加經濟實惠的氨基酸來源；
4、評定食物營養價值有利於全面瞭解各種食物的天然組成成分；
5、瞭解在加工烹調過程中食物營養素的變化的損失。並採取相應的有效措施來最大限度地儲存食物中營養素含量，提高食物營養價值；
6、指導人們科學地選購食物和合理配製營養平穩的膳食，以達到增強體質及預防疾病的目的。