黑臭水體的治理措施有：控源截汙、內源治理、駁岸整治、水質提升。
1、控源截汙
是黑臭水體治理中最直接有效、最基礎的技術措施。主要用於對生活及生產汙水、初期雨水、冰雪融水、畜禽養殖汙水、地表固體廢棄物等點源、面源汙染的控制與治理；透過沿河沿湖鋪設汙水截流管線，併合理設定提升(輸運)泵房，將汙水截流並納入城市汙水收集和處理系統。
2、內源治理
透過環保清淤的工程手段，將內源汙染移出水體。並且在微生物為主的作用下削減底泥中汙染物，使黑臭淤泥減量、無機化，是一種安全、環保的內源汙染原位治理方式。
3、駁岸整治
用於已有硬化河岸(湖岸)的生態修復，屬於城市水體汙染治理的長效措施。採取植草溝、生態砌塊護岸、生態活性水岸等形式，對原有硬化河岸(湖岸)進行改造，恢復岸線和水體的自然淨化功能及景觀功能。
4、水質提升
透過採用溼地建設、微生物投放、曝氣造流、生態流量補給等生態工程技術措施啟動的包括基質-微生物-植物-動物在內的系統構建，吸收轉化水體中汙染物，深度淨化達到長效提升水質的作用。
1、苗床消毒。藥劑可選用福爾馬林，方法是：每平方米苗床用福爾馬林30~40毫升兌水2.5~5公斤，然後用噴霧器（去噴頭）噴射，邊噴邊翻土，噴勻後覆蓋農膜，一週後揭農膜，翻土幾次，讓福爾馬林充分揮發掉，時間約5~7天。
2、種子處理。可用50%代森銨水劑200倍液浸種15分鐘，然後洗淨晾乾播種。溫湯浸種會嚴重影響花椰菜的發芽率，所以應當慎用，儘量不用。
3、苗床管理。育苗時期若是在夏季，一定採用保護地育苗，加蓋遮陽網，防止陽光曝曬及暴雨沖刷，幼苗出土後，要常檢視苗情，保證苗勻苗壯，如有病苗出現，及時拔除並噴藥防治，同時在整個育苗期間，要防治立枯病、猝倒病、菜青蟲等病蟲害。
4、輪作倒茬。與非十字花科蔬菜實行2年以上的輪作，基本上可解決土壤帶菌問題。為消滅或減少土壤中的病原菌，定植前進行深翻曬地10~20天，以加快植株殘體的熟化及土壤中病菌的死亡。
5、中耕除草。幼苗定植、緩苗，要施足苗肥，植株生長期間要加強肥水管理，鈣硼矽肥配合足量施用，強化機體抵抗能力，防止植株早衰，增強其抗病性。灌水切忌大水漫灌，以減少病菌傳播蔓延的機會。根據墒情，及時進行中耕除草。
6、防蟲治蟲。蟲害除直接造成損失外，還為病菌提供從傷口侵染的途徑，因而蟲害多的地塊，黑腐病也重，要防病務必先治蟲，尤其控制菜青蟲和小菜蛾的危害。及時防治小菜蛾、菜青蟲、甜菜夜蛾、蚜蟲、猿葉甲、地蛆等害蟲，以免其傳播該病害。
7、防病治病。田間出現黑腐病中心病株後，應及時防治，防治藥劑可用50%代森銨500倍液，農用鏈黴素、硫酸鏈黴素、新植黴素等200毫克/公斤，具有明顯的防效，另外50%甲基託布津和50%多菌靈可溼性粉劑防效也很好。
1、黑臭水體是指因過量納汙、超出其水環境容量而導致變黑、發臭，通常低於地表水環境質量標準V類水質標準，溶解氧小於2.0 mg/L。多位於人口密集、汙染負荷強度大、基礎設施不完善的區域，主要包括城市建成區、城鄉結合部、縣城及中心鎮等區域內水體。
2、水體黑臭是一種生物化學現象，當水體遭受嚴重有機汙染時，有機物的好氧分解使水體中耗氧速率大於復氧速率，造成水體缺氧，致使有機物降解不完全、速度減緩，厭氧生物降解過程生成硫化氫、胺、氨、硫醇等發臭物質，同時形成FeS、MnS等黑色物質，使水體發生黑臭．水體黑臭是嚴重的水汙染現象，使水體完全喪失使用功能，並影響景觀以及人類生活和健康。
3、汙水，通常指受一定汙染的、來自生活和生產的排出水。汙水主要有生活汙水、工業廢水和初期雨水。汙水的主要汙染物有病原體汙染物、耗氧汙染物、植物營養物和有毒汙染物等。