做好人、財、物方面的準備。由最高管理者書面任命環境管理者代表。最高管理者應授權建立相應的機構，並給予人力和財物方面的支援，以保證體系建立和執行的需要。
做好初始環境評審。這項工作是對組織的環境管理情況進行評價，總結經驗，找出存在的主要環境問題並分析其風險，以確定控制方法和將來的改進方向。一般來說，要做初始環境評審，先應組建由從事環保、生產、技術、裝置等各方面的人員組成工作組。工作組要完成法律法規的識別和評價，環境因素的識別和評價，現有環境管理制度和ISO14001標準差距的評價，並形成初始環境評審報告。
完成環境管理體系策劃工作。所謂的環境管理體系策劃，就是根據初始環境評審的結果和組織的經濟技術實力，制定環境方針；確定環境管理體系構架；確定組織機構與職責；制定目標、指標、環境管理方案；確定哪些環境活動需要制定執行控制程式。
編制體系檔案。ISO14001環境管理體系是一個檔案化的環境管理體系，需編制環境管理手冊、程式檔案、作業指導書等。
執行環境管理體系。環境管理體系檔案編制完成，正式頒佈，就標誌著環境管理體系已經建立並投入執行。
環境管理體系匯入說明會：由單位負責人事先選擇確定的顧問機構顧問師負責專項講解說明。
企業實際情況確認:輔導老師會結合公司實際與體系標準做出實際評判,會出一份現場診斷報告給企業。同時,輔導老師會擬定量身定做的體系輔導計劃。
成立環境管理體系推行小組:擬定ISO推進委員會架構，並任命推行委員會成員。
4ISO14001體系標準培訓:輔導老師開始進行管理體系標準的專項培訓。
環境體系檔案編制:在輔導老師的指導下按照公司過程的特點進行適用檔案的編寫,包括環境手冊、程式檔案、指導書檔案及記錄表格。
體系檔案發行:檔案編寫完成後,需要按既定的流程發行檔案。
環境體系執行:公司各部門按體系檔案的規定實施，如環境因素識別、法律法規收集、廢棄處理管理、目標指標管理方案的實施、資料收集整理等等。
組織環境管理體系內部稽核:組織經培訓合格的內審員進行一次全面的內部稽核,並進行不符合項的改善。
申請環境管理體系外審認證:在顧問機構輔導老師的指導下完成上述過程後,可申請第三方認證機構進行稽核,稽核通過後1-2個月即會發證。
ISO14001體系持續執行階段:透過認證並獲得體系證書後需要持續改善,持續執行。
提出環境體系內部稽核活動申請：根據內部稽核檔案規定的頻率進行內審活動申請，提出內部稽核申請單，交管理代表批准。
制定環境體系內部稽核計劃：內部的稽核申請經管理代表批准後，組織者編制內部稽核計劃，包括指定內審小組組長及稽核組成員，排定內部稽核計劃行程，分配內審員稽核區域等。
發出環境體系內部稽核通知發出內部稽核通知，要提前幾天時間發出，以便相關單位、人員做好工作安排。
內部現場稽核實施內部稽核實施時，首先要開首次會議（各部門負責人及內內部稽核小組成員參加），由稽核組長宣導稽核目的、稽核範圍、稽核注意事項等。
內部現場稽核結束 內部稽核稽核結束後，內部稽核小組做稽核總結，提出不符合項，並組織召開現場稽核結果總結會議（各部門負責人及內部稽核小組成員參加）。
環境體系稽核不符合項改善 各相關部門根據不符合報告分析不符合原因，制定糾正預防計劃，實施改善。內審員實施不符合項的整改有效性驗證。
ISO14001內部稽核記錄歸檔，內審結束 將本次內部稽核的所有記錄進行歸檔，將做為後續管理評審的輸入資料。