SSR分子標記原理：基因組中某一特定的微衛星的側翼序列通常都是保守性較強的單一序列，可以將微衛星側翼的DNA片段克隆、測序，根據微衛星的側翼序列就可以人工合成引物進行PCR擴增，將單個微衛星位點擴增出來。單個微衛星位點重複單元在數量上的變異，個體的擴增產物在長度上的變化就產生長度的多型性，這一多型性稱為簡單序列重複長度多型性SSLP，每一擴增位點就代表了這一位點的一對等位基因。因為SSR重複數目變化很大，所以SSR標記能揭示比RFLP高得多的多型性。
SSR分子標記原理：基因組中某一特定的微衛星的側翼序列通常都是保守性較強的單一序列，可以將微衛星側翼的DNA片段克隆、測序，根據微衛星的側翼序列就可以人工合成引物進行PCR擴增，將單個微衛星位點擴增出來。單個微衛星位點重複單元在數量上的變異，個體的擴增產物在長度上的變化就產生長度的多型性，這一多型性稱為簡單序列重複長度多型性SSLP，每一擴增位點就代表了這一位點的一對等位基因。因為SSR重複數目變化很大，所以SSR標記能揭示比RFLP高得多的多型性。
分子標記的概念有廣義和狹義之分。廣義的分子標記是指可遺傳的並可檢測的DNA序列或蛋白質。狹義分子標記是指能反映生物個體或種群間基因組中某種差異的特異性DNA片段。
分子標記，是以個體間遺傳物質核心苷酸序列變異為基礎的遺傳標記，是DNA水平遺傳多型性的直接的反映。與其他幾種遺傳標記，形態學標記、生物化學標記、細胞學標記相比，DNA分子標記具有的優越性有：大多數分子標記為共顯性，對隱性的性狀的選擇十分便利；基因組變異極其豐富，分子標記的數量幾乎是無限的；在生物發育的不同階段，不同組織的DNA都可用於標記分析；分子標記揭示來自DNA的變異；表現為中性，不影響目標性狀的表達，與不良性狀無連鎖；檢測手段簡單、迅速。隨著分子生物學技術的發展，DNA分子標記技術已有數十種，廣泛應用於遺傳育種、基因組作圖、基因定位、物種親緣關係鑑別、基因庫構建、基因克隆等方面。
分子標記種類有很多：
第一代分子標記以RFLP為代表，是基於酶切位點的多型性開發的分子標記；第二代分子標記以SSR為代表，是基於簡單重複序列的多型性；第二代分子標記透過引物的特殊設計，能夠擴增DNA上的相應位置的序列，根據多型性，進行下一步分析；第三代分子標記以SNP為代表，單核苷酸多型性；是基於高通量測序為基礎的新一代分子標記技術。分子標記是生物遺傳標記的一種。透過引物設計的不同，用PCR的方法在生物的基因組DNA上擴增出相關條帶，透過電泳、軟體識別、分析，可用作生物遺傳資訊的研究。