影片講述的是琴・葛蕾意外吸收了來自太空的宇宙能量，不僅沒死，反而變得更加強大，接著琴・葛蕾一路發現自己身世的真相，失控之後，讓跟著那股宇宙能量來到地球的外星人有機可乘。為了拿回那股宇宙能量，外星人領導Vuk抓著琴・葛蕾的身份認同問題，挑撥她與X戰警間的矛盾。
x黑鳳凰結局是什麼
結局是琴葛蕾最後飛向太空，釋放了鳳凰之力，所有外星艦隊就都被摧毀了。鳳凰女琴葛蕾是X戰警成員，在電影裡，琴葛蕾徹底黑化，她控制不住自己體內的力量，以至於傷害了自己最親的人。
《X戰警：黑鳳凰》既不能激起觀眾的任何想法，也算不上合格的電影成品，給了“變種人”傳奇故事一個令人絕望而又虎頭蛇尾的結局。即使索菲・特納有著光芒四射的銀幕形象以及掌控角色力量感與脆弱性的能力，也無法將《X戰警：黑鳳凰》從失敗中拯救出來。
電影X戰警黑鳳凰劇情設定在20世紀八九十年代，故事將聚焦鳳凰女琴・葛蕾的內在人格被釋放後黑化為暗黑鳳凰，並與X戰警開戰的故事。
X戰警將面臨他們最強大又可怕的敵人：他們的一位成員――琴・葛蕾。在一次太空救援任務中，琴被一股神秘的宇宙力量擊中險些死亡。返回家中後，這股力量令她變得無比強大的同時也極不穩定。
琴在與體內能量搏鬥期間釋放了自己無法控制也無法領會的力量。隨著不斷失去控制，琴傷害了她的至親之人。這一舉動割裂了維繫X戰警的紐帶。
現在隨著X戰警家族漸漸分崩離析，他們必須找到辦法重新團結一心，不僅為拯救琴的靈魂，更為地球的安全。因為外星勢力正意圖武器化琴體內的力量並以此統治銀河系。
最終，萬磁王和X教授拋棄成見，一場大戰眾多的X戰警都犧牲了。而且與之相對的，眾多英雄犧牲的同時，琴無動於衷。就在最後關頭，琴飛向了太空，釋放了鳳凰之力。所有外星艦隊就都被摧毀了。
《x戰警黑鳳凰》結局是黑鳳凰最後失去人的形態，化為一團火焰。黑鳳凰本命叫做琴·葛蕾，在她很小的時候，她的能量就開始顯示出很強的爆發力，六歲那年，由於自己的原因導致父母在車禍中喪生，在警察局的時候，x教授讓她到變種人學校學習，後來琴去了變種人學校。
幾年後，黑鳳凰在與x教授執行任務的過程中黑鳳凰受傷嚴重，被一股強大的能量侵襲，她自己也化為一片火海。當所有人都在悲傷的時候，她突然間的甦醒過來，讓眾人放下心來。回到地球后，琴的能量卻發生了巨大的變化，她的能量值已經高到無法用測量器測出來，這令多數人有些隱隱的擔憂。再擁有了強大的能量之後，琴，的各種心情，可中行去也比以前衝動很多，在一次醉酒之後無意間又傷害很多人，她本人也昏倒在地。
x教授企圖救她但是很難，原來是x教授，在琴腦海中植入的“防火牆”已經沒有作用，她已經突破了這道防火牆。原來琴的父親沒有死，她一直以為父母都是她害死的，她一直活在愧疚之中。然而沒想到是她竟然是被自己的父親給拋棄，x教授也在欺騙著自己，強大的能量折磨著自己，她十分的痛苦。
自己在無助的情況下不小心被德巴力人利用間接殺死了魔形女，x教授一直在勸說著琴，最終，琴看到x教授的意識被教授深深的感動並且與x教授重歸於好。最後她反攻德巴力人，釋放所有鳳凰之力殺死了女探員。然而她自己，也失去人的形態，在空中飄蕩著。所有人都回到平靜的生活，而天空中，時不時地飄過一團火焰。