認定條件不同：主要從事生產或提供應稅勞務(特指加工、修理修配勞務)的：年銷售額在100萬元以上的，可以認定為一般納稅人，100萬以下的為小規模;主要從事貨物批發零售的：年銷售額180萬以上的可以認定為一般納稅人，180萬以下為小規模。工業企業年銷售額在100萬以下的,商品流通企業年銷售額在180萬以下的,屬於小規模納稅人;反之，為一般納稅人。
帳務處理上區別：在購買商品時，如果對方開具增值稅發票，兩者處理存在不同；在銷售商品時，採用的稅率不同。
稅收管理規定的區別：一般納稅人：銷售貨物或提供應稅勞務可以開具增值稅專用發票;購進貨物或應稅勞務可以作為當期進項稅抵扣;計算方法為銷項減進項。小規模納稅人：只能使用普通發票;購進貨物或應稅勞務即使取得了增值稅專用發票也不能抵扣;計算方法為銷售額×徵收率。
稅率與徵收率不同：一般納稅人：基本稅率17%，稅法還列舉了5類適應13%低稅率的貨物，還有幾項特殊業務按簡易辦法徵收(參照小規模)。還有零稅率應稅勞務和貨物。小規模納稅人：商業小規模按4%徵收率;商業以為小規模按6%，(免稅的除外)。
增值稅稅率不同 2019年起一般納稅人的增值稅稅率有4檔：13%、9%、6%、0；小規模納稅人增值稅沒有稅率，只有一個徵收率3%，特殊行業是5%。
計稅方式不同 一般納稅人增值稅抵扣計算=銷項稅額-進項稅額-減免稅額=應納增值稅；小規模納稅人增值稅直接計算=收入*徵收率3%。
使用發票不同 一般納稅人可以自行開具增值稅專用發票和增值稅普通發票，也可以開具4檔稅率的增值稅發票，同時收票方也能抵扣13%-6%的進項稅額；小規模納稅人只能自行開具增值稅普通發票，收票方不能抵扣進項稅額；小規模需要開具專用發票時，需要去稅局才能開具，只能開具3%的專票。
稅收優惠不同 一般納稅人在增值稅方面一般很少有優惠徵策；2019年起小規模納稅人在增值稅方面可以享受：季度收入30萬以免交增值稅的優惠徵策，同時附加稅減半徵收入的徵策。
認定方式不同 新成立的企業，如果沒有去選擇申請一般納稅人，就自動認定為小規模納稅人；一般納稅人需要去申請才能認定，認定方式有兩種：一是有固定辦公場所，可以去申請認定，別外一種是銷售額超過了500萬，也可能去申請認定。
申報方式不同 一般納稅人都是按月申報，並且增值稅要在特定的系統內才能申報；小規模納稅人可以選擇按月申報，也可以選擇按季申報，增值稅不需要特定的系統就可以完成申報工作了。
計稅方法不同 一般納稅人原則上採用一般計稅方法（提供公共交通運輸服務等特定應稅行為的一般納稅人也可選擇簡易計稅方法）。 小規模納稅人採用簡易計稅方法。
稅率與徵收率不同 一般納稅人適用增值稅稅率（簡易計稅的除外），目前增值稅稅率包括16%、10%、6%，0。 小規模納稅人適用增值稅徵收率，目前增值稅徵收率包括5%、3%。
納稅申報期不同 一般納稅人繳納增值稅，原則上實行以月為納稅期申報納稅。 小規模納稅人繳納增值稅，原則上實行以季度為納稅期申報納稅。
增值稅發票使用不同 一般納稅人可以開具和取得增值稅專用發票。除部分特定行業的小規模納稅人可以選擇自行開具專用發票外，大部分小規模納稅人不能自開專用發票，如果需要開具專用發票可以到稅務機關申請代開。
抵扣進項稅額的區別 一般納稅人： 購進貨物、勞務、服務、無形資產和不動產支付或者負擔的增值稅額可以作為當期進項稅額按規定進行抵扣; 應納稅額=當期銷項稅額－當期進項稅額。 小規模納稅人： 購進貨物、勞務、服務、無形資產和不動產，即使取得了增值稅專用發票也不能抵扣; 應納稅額=銷售額×徵收率。