兩者有本質的區別。
三方協議是《普通高等學校畢業生、畢業研究生就業協議書》的簡稱，它是明確畢業生、用人單位、學校三方在畢業生就業工作中的權利和義務的書面表現形式，能解決應屆畢業生戶籍、檔案、保險、公積金等一系列相關問題。協議在畢業生到單位報到；即憑《全國普通高等學校本專科畢業生就業報到證》或《全國畢業生研究生報到證》、用人單位正式接收後自行終止。就業意向書不是就業合同，標準的是以就業報到辦理錄用手續為準。簽了就業意向到正式畢業之前這段時間出現改簽不屬於違約，一般畢業後發生則屬於違約，是否追究違
兩者有本質的區別。
三方協議是《普通高等學校畢業生、畢業研究生就業協議書》的簡稱，它是明確畢業生、用人單位、學校三方在畢業生就業工作中的權利和義務的書面表現形式，能解決應屆畢業生戶籍、檔案、保險、公積金等一系列相關問題。協議在畢業生到單位報到；即憑《全國普通高等學校本專科畢業生就業報到證》或《全國畢業生研究生報到證》、用人單位正式接收後自行終止。就業意向書不是就業合同，標準的是以就業報到辦理錄用手續為準。簽了就業意向到正式畢業之前這段時間出現改簽不屬於違約，一般畢業後發生則屬於違約，是否追究違
三方協議是《普通高等學校畢業生、畢業研究生就業協議書》的簡稱，它是明確畢業生、用人單位、學校三方在畢業生就業工作中的權利和義務的書面表現形式，能解決應屆畢業生戶籍、檔案、保險、公積金等一系列相關問題。三方協議在畢業生到單位報到(憑《全國普通高等學校本專科畢業生就業報到證》或《全國畢業生研究生報到證》、用人單位正式接收後自行終止。
就業協議是《全國普通高等學校畢業生就業協議書》的簡稱，是普通高等學校畢業生和用人單位在正式確立勞動人事關係前，經雙向選擇，在規定期限內確立就業關係、明確雙方權利和義務而達成的書面協議，是用人單位確認畢業生相關資訊真實可靠以及接收畢業生的重要憑據，也是高校進行畢業生就業管理、編制就業方案以及畢業生辦理就業落戶手續等有關事項的重要依據。協議在畢業生到單位報到、用人單位正式接收後自行終止。就業協議一般由國家教育部或各省、市、自治區就業主管部門統一製表。
三方協議和靈活就業區別：籤就業協議書用於單位能夠保管檔案等，畢業時由單位接收檔案、戶口等材料，並進行管理；而靈活就業方式就業，戶口和檔案轉回原籍。
三方協議在畢業生到單位報到（憑《全國普通高等學校本專科畢業生就業報到證》或《全國畢業生研究生報到證》）、用人單位正式接收後自行終止。