計稅依據不同；計稅依據是查賬徵收與核定徵收最大的區別，查賬徵收是以所得稅額為計稅依據的，可以簡單的為以利潤為計稅依據。核定徵收是以收入*徵定率得出的所得稅額為計稅依據。
申報表不同；查賬徵收的申報表是a類報表，核定徵收的申報表是b類報表。
填寫內容不同；查賬徵收需要填寫，收入、成本、利潤總額。核定徵收只需要填收入即可。
彙算清繳不同；查賬徵收的彙算清繳相當的麻煩，需要計算各種費用的標準，以及提出超額的費用。核定徵收相對比較簡單，只需算準收入即可。
財務管理不同；查賬徵收適用與財務管理健全的企業，核定徵收是用於財務管理不健全，成本或者費用無法準確計算的企業。
選擇企業不同；選擇企業不同，主要是指企業是一般納稅人，還是小規模納稅人。簡單的來說就是，通常查賬徵收適用於一般納稅人，核定徵收適用於，成本或費用無法準確計算的小規模企業。
所得稅率一樣；雖然查賬徵收與核定徵收有很多的區別，但是他們的所得稅率是相同的。就是一般稅率是25%，優惠稅率可以簡單的理解為10%。
企業所得稅查賬徵收按以下方法報：開啟電子稅務局的相關介面，選擇增值稅來填寫申報表。進入到申報表以後，報表裡的資料都填寫零。把報表拉到最下方，需要對納稅人進行數字簽名。檢查日期和報表裡的零資料，沒問題就點選提交。這樣一來會提示已申報，即可實現企業所得稅年報了。
1、查賬徵收：主要是指財務制度健全，能準確計算收入、核算成本、費用和利潤，能按規定申報繳納稅款的納稅人。
（1）企業所得稅，按照應納稅所得額，依照25%的稅率計算繳納。
（2）即：應交企業所得稅=應納稅所得額×適用稅率。
（3）其中：應納稅所得額=收入總額—不徵稅收入—免稅收入—各項扣除—允許彌補以前年度虧損。
2、核定徵收方式包括定額徵收和核定應稅所得率徵收兩種辦法，以及其他合理的辦法。
（1）定額徵收，是指稅務機關按照一定的標準、程式和辦法，直接核定納稅人年度應納企業所得稅額，由納稅人按規定進行申報繳納的辦法。
（2）核定應稅所得率徵收，是指稅務機關按照一定的標準、程式和方法，預先核定納稅人的應稅所得率，由納稅人根據納稅年度內的收入總額或成本費用等專案的實際發生額，按預先核定的應稅所得率計算繳納企業所得稅的辦法。實行核定應稅所得率徵收辦法的，應納所得稅額的計算公式如下：
（1）應納所得稅額?=應納稅所得額×適用稅率。
（2）應納稅所得額=?收入總額?×應稅所得率。
（3）或=成本費用支出額/（1—應稅所得率）×應稅所得率。
稅務部門會給出一份應稅所得率表，比如工業、交通運輸業、商業7—20%；建築業、房地產開發業10—20%；飲食服務業10—25%；娛樂業10—25%；其他行業10—30%。企業經營多業的，無論其經營專案是否單獨核算，均由主管稅務機關根據其主營專案，核定其適用某一行業的應稅所得率。
3、小規模納稅人的企業所得稅計算方法。
（1）按照現行《增值稅暫行條例》規定，銷售貨物或者應稅勞務，實行按照銷售額和徵收率計算應納稅額的簡易辦法，並不得抵扣進項稅額。應納稅額的計算公式是：應納稅額=銷售額X徵收率。小規模納稅人增值稅徵收率為3%。
（2）這裡還存在不含稅銷售額與含稅銷售額的概念，它的換算公式為：應稅銷售額（不含稅銷售額）=發票開具金額（含稅銷售額）/（1+3%）。因此，您應當按照全部的應稅銷售額計算繳納增值稅，但在稅務代開發票所繳納的增值稅，作為預繳稅款，允許在全部應交稅款中抵繳。