兩者的法律依據不同：免予刑事處罰所依據的是《刑法》三十七條的規定，而無罪判決所依據的是《刑事訴訟法》第一百六十二條的規定，一個為實體法，一個為程式法；兩者的適用條件不同：《刑法》第三十七條規定免予刑事處罰要符合兩個條件：一是犯罪情節輕微，二是不需要判處刑罰，只有當兩個條件同時符合時，才能適用免予刑事處罰；兩者的法律後果不同：免予刑事處罰是人民法院認定某種行為構成犯罪，但因犯罪情節輕微，而判決免予刑罰的一種處罰，是人民法院以被告人構成犯罪為前提，以犯罪情節輕微不需要判處刑罰為概括性條件的司法選擇。法律規定應當免除刑罰的，必須判決免除刑罰，免於刑事處罰，是有罪而免罰，仍然構成刑事犯罪。而無罪判決是當嫌疑人被羈押時，應當立即釋放，無罪無需承擔刑事責任，不受刑事處罰。
1、制裁的法律依據不同
行政處罰的依據有法律、行政法規、地方性法規、行政規章等；
刑事處罰的適用依據只能是《刑法》，以及全國人大作出的刑法修正案。
2、適用的違法行為不同
行政處罰針對的是公民、法人或者其他組織違反國家法律、法規，尚未構成犯罪的、應當依法承擔行政責任的行為。
刑事處罰針對的則是已經觸犯《刑法》，構成犯罪的行為。性質相同的行為，由於惡劣程度不同，造成的後果不同，就會受到不同性質的處罰。
3、處罰種類不同
刑罰包括主刑和附加刑兩類。主刑包括管制、拘役、有期徒刑、無期徒刑和死刑;附加刑包括罰金、剝奪政治權利和沒收財產，此外還有適用於外國人犯罪的驅逐出境。
行政處罰的種類包括警告、罰款、責令停產停業、暫扣或者吊銷許可證、暫扣或者吊銷營業執照、沒收非法財物、沒收違法所得、行政拘留等。
行政處罰雖然也有針對人身的，但是隻有一種，即行政拘留，而且行政拘留的上限是15天，在嚴厲程度上是無法與刑罰相比的。
4、違法行為人的主觀心理對承擔責任的影響不同
在刑事領域，行為人主觀是故意還是過失，是積極的追求行為結果，還是放任結果的發生，或者是應該預見到結果發生但是沒有預見到。
或者是已經預見到結果的發生但輕信自己可以避免，這樣的心理狀態對罪與非罪，以及此罪與彼罪的確定有著決定意義。
但是在行政處罰的過程中，行為人主觀上是故意還是過失對於違法行為的確定並不是那麼重要，只要主觀上有過錯，客觀上實施了行政違法行為，就可以認為構成了行政違法，就可以進行行政處罰。
5、制裁機關不同
行政處罰的實施主體是法律、法規授權的國家行政機關和其他非行政機關組織。它的實施主體要比刑罰的實施主體廣泛得多。
刑事處罰只能由法院決定，然後交給執行機關執行。
不起訴和免於刑事處罰的不同在於性質不同，免予刑事處罰是針對的物件是已經構成犯罪，不起訴的物件則包括不構成犯罪、指控犯罪證據不足或存疑等人。作出機關也不同：免予刑事處罰由法院作出，而不起訴決定則由檢察院作出。對於二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。