推理能力，第一黑羽盜一，第二工藤優作，第三服部平藏，第四黑羽快鬥，第五工藤新一，第六赤井秀一，第七安室透，第八琴酒，第九毛利小五郎，第十服部平次。
魔術技能第一黑羽盜一，第二詹姆斯，第三黑羽快鬥，第四貝爾摩德，第五工藤有希子，第六赤井秀一，其它全部第七。
運動能力，第一黑羽盜一，第二工藤優作，第三服部平藏，第四黑羽快鬥，第五工藤新一，第六服部平次，第七赤井秀一，第八安室透，第九琴酒，第十白馬探。
知識水平，第一黑羽盜一，第二工藤優作，第三服部平藏，第四黑羽快鬥，第五工藤新一，第六服部平次，第七赤井秀一，第八白馬探，第九毛利小五郎，第十琴酒。
綜合實力，第一黑羽盜一，第二工藤優作，第三服部平藏，第四黑羽快鬥，第五工藤新一，第六赤井秀一，第七安室透，第八琴酒，第九毛利小五郎，第十服部平次。
大師級：工藤優作、服部平藏；專家級：工藤新一、服部平次、赤井秀一、安室透、諸伏高明、大和敢助、白馬探、黑羽快鬥、琴酒、領妹、羽田秀；高手級：毛利小五郎、世良真純、本堂瑛佑、上原由衣、貝爾摩德；入門級：朱蒂、水無憐奈、妃英理、灰原哀、目暮十三；路人級：毛利蘭、伏特加、少年偵探團、鈴木園子。
1、由“黑色”裁決“黑色”
（1）德國，加拿大，以及（英國）倫敦。黑衣組織所製造的暗殺案件在世界各地接連發生。
（2）不久，琴酒就將魔爪伸向日本。這場暗殺大戲不過才剛剛開始。
2、宿命的相遇
（1）東都水族館進行了大規模翻新。為了觀賞那裡的特色——世界第一個二輪式巨大摩天輪而來到此處的柯南一行人與那裡一位受傷的神秘女性相遇。她似乎由於某種原因喪失了記憶。
（2）線索只有已損壞的手機。柯南與少年偵探團一起，決定幫助她找回記憶。這時，灰原覺察到了異樣。這個女性，是左右眼顏色不同的“雙色瞳”的擁有者。
3、暴露的雙重面孔！
（1）因為眼睛的特徵是一致的，灰原擔心其真實身份就是組織的NO.2（2號人物）—朗姆。另一方面，正當柯南尋找接近宿敵的機會時，突然間這個女性在看到摩天輪時發作了起來。
（2）這時候她喃喃自語的是“司陶特、威士蓮、阿誇維特、基爾、波本……”果然她的真實身份是黑衣組織的一員！而在她被送入警察醫院後，FBI與公安推測時機已成熟，便悄悄展開了行動。
4、互相爭奪“秘密”！
（1）根據FBI赤井秀一的調查，日本警察某份資料被竊取之事得到證實。那就是間諜的名單“NOC List”（非官方臥底名單）。
（2）這份資料一旦流入組織手中，世界的情報機關將會崩潰，且潛入組織的公安，安室透與CIA（美國中央情報局），水無憐奈的性命也將陷入危險中。在柯南與赤井追查案件的同時，琴酒將水無和安室拘禁。