取10cm左右深層土壤10g備用製備土壤稀釋液：稱取土壤1g，放入有99mL無菌水的三角瓶中，振盪均勻，即為稀釋10－2的土壤懸液然後進行十倍梯度稀釋，依次製備稀釋度的土壤稀釋液；按培養基配方各配置牛肉膏蛋白腖瓊脂培養基、馬丁氏培養基、高氏Ⅰ號培養基各100ml。滅菌後分別倒3個平板.；用無菌吸管吸取0.1ml相應濃度土壤稀釋液，以無菌操作技術接種在平板上,塗布均勻。細菌選用三個稀釋度接種於牛肉膏蛋白腖瓊脂培養基，放線菌與黴菌選用三個稀釋度，分別接種於高氏Ⅰ號培養基、馬丁氏培養基；細菌平板於37℃恆溫培養1～2d，放線菌於30℃培養2～3d，黴菌於30℃培養3～5d ； 用稀釋水樣檢測平板的菌落計數方法進行計數,報告細菌總數/(CFU·ml-1) ；挑取典型菌落接種於相應平板，培養條件同上,培養純化。
土壤中微生物數量多、繁殖快、活動性強，對植物有非常重要的影響，主要表現在以下方面:
土壤微生物是生態系統中的分解者，它們使有機質分解，釋放養分，供植物利用。另外，有些土壤微生物還能直接對岩石進行分解，如矽酸鹽菌能分解土壤中的矽酸鹽，並分離出高等植物能吸收的。
土壤微生物生命活動產生的生長激素以及維生素類物質對植物的種子萌發和正常的生長髮育能產生良好影響。某些微生物在不同程度上具有抑制病毒和致病性細菌、真菌的作用，在一定條件下可以成為植物病原菌的拮抗體。某些微生物還能把土壤中有毒的H2S，CH4等轉化成無毒物質，如硫化細菌能將H2S轉化為硫酸鹽。
土壤中的某些真菌還能與某些高等植物的根系形成共生體，稱為菌根。有的真菌還具有固氮效能，能改善植物的氮素迴圈。但是，土壤微生物也有對植物生長不利的一面，如某些微生物本身就是致病的病原菌。在某些條件下，有些微生物的活動還能引起養分損失。
富集培養，取約1克土樣加入裝有牛肉膏蛋白腖液體培養基的三角瓶中，置於80至90℃水浴加熱10至15分鐘，然後經30℃振盪培養24小時；初篩平板塗布分離，將培養液再經一次熱處理，適當稀釋後，取0.1毫升，塗布在酪蛋白平板上，30℃培養24至48小時；平板菌落的轉接培養，將酪蛋白平板上長出的透明圈直徑與菌落直徑比值較大的菌落，編號依次對應接到牛肉膏蛋白腖培養基斜面上，30℃培養24至48小時，備用；搖瓶發酵，將酪蛋白平板上長出的透明圈直徑與菌落直徑比值較大的菌落進行發酵，並測定酶活；純化與保藏，將酶活高的菌株採用劃線分離法或塗布分離法進一步純化，然後將菌種進行保藏。