安室透並沒有確定柯南的身份，他只是從各種事件中懷疑柯南，認為他並不是普通的小孩子，對他有很大的疑心。
安室透第一次懷疑柯南，是在網球事件中，那時候柯南還不知道安室透是公安派去的臥底，本來想用麻醉針射中毛利小五郎，無奈安室透出現在自己面前，柯南只能給出各種提示，才解開了密室的謎團。
第二次是在“又甜又冷的宅急便”中，少年偵探團遇難，柯南發出了紙條求救訊號，上面寫著“corpse”屍體，安室透首先想到的就是柯南，隨後找到了少年偵探團並救下他們。
兩人真正交流是在“緋色”篇章中，柯南識破了安室透是公安的身份，隨後和他交流，這時候安室透也是瞭解到柯南並不是一般人，他身上一定有很多秘密。
安室透並沒有確定柯南的身份，他只是從各種事件中懷疑柯南，認為他並不是普通的小孩子，對他有很大的疑心，而且暗中還保護保護柯南。不過在緋色系列的片尾處，柯南對他說“你在說謊”，安室透回答道“你也沒資格來說我啊”，安室透這句話可能是個暗示，這一點是作者的一個伏筆。
安室透第一次懷疑柯南，是在網球事件中，那時候柯南還不知道安室透是公安派去的臥底，本來想用麻醉針射中毛利小五郎，無奈安室透出現在自己面前，柯南只能給出各種提示，才解開了密室的謎團。
第二次是在“又甜又冷的宅急便”中，少年偵探團遇難，柯南發出了紙條求救訊號，上面寫著“corpse”屍體，安室透首先想到的就是柯南，隨後找到了少年偵探團並救下他們，元太這邊邀請他去衝矢昴家裡吃蛋糕，安室透看了一眼窗戶後，決定不去了，此時窗簾後面的秀一正在偷偷觀察著。
兩人真正交流是在“緋色”篇章中，柯南識破了安室透是公安的身份，隨後和他交流，這時候安室透也是瞭解到柯南並不是一般人，他身上一定有很多秘密。
1．阿笠博士：最早知道柯南真實身份的人，並且是新一親自承認，後不斷幫助於他為他提供眾多道具；
2．工藤優作、工藤有希子：江戶川柯南誘拐事件中由阿笠博士轉告；
3．服部平次：在夏洛克福爾摩斯-詭異殺人事件中察覺，逼柯南親自承認；
4．宮野明美（黑衣組織成員，灰原哀的姐姐，已死）：臨死前柯南親自承認，但不知道新一變小的原因（TV 128黑暗組織十億元搶劫事件）；
5．灰原哀（即宮野志保，原黑衣組織科學家，已脫離組織）：透過調查察覺，由阿笠博士告知（TV 129大學教授殺人事件）
6．貝爾摩得（Vermouth，黑衣組織成員）：見過新一小時候照片（最晚在TV 230中就已經得知。見TV 345劇情介紹）
7．本堂瑛祐：推理得知，當著柯南的面表白小蘭，柯南直接親口承認自己的真實身份。但劇情未顯示其得知新一變小的原因（TV 508卡拉OK包房的死角） 8．衝矢昴（即赤井秀一，紅與黑的碰撞系列中確認）：在注意到以新一的聲音向小蘭打電話的柯南後得知，但劇情未顯示其得知新一變小的原因，已經忘記了在十年前海灘見過新一的事
9．世良真純、“領域外的妹妹”：十年前在海灘見過新一，知道他使用變聲器破案；
10.第二代怪盜基德（即黑羽快鬥）：在File.1018中將M3《世紀末的魔術師》的劇情連在了一起，基德的內心獨白“兩位高中生偵探”（一位指的是服部平次，另一位即柯南）
顯示其知道江戶川柯南即為高中生偵探工藤新一其他作品：非《名偵探柯南》原作的動畫作品（如劇場版、OVA、特別合作篇等）中，得知江戶川柯南就是高中生偵探工藤新一的人如下：
1．第二代怪盜基德（即黑羽快鬥）：在假扮白鳥監視柯南發現，並且為了還柯南救他鴿子的情，扮成新一幫他逃過小蘭的懷疑；
2．“諾亞方舟”（澤田弘樹所設計的人工智慧軟體，是弘樹思想的化身，已自行毀滅）：讀取柯南腦中資料得知；
3．愛爾蘭（Irish，黑衣組織成員）：透過指紋對比確認。但尚未報告組織便被殺；
4．魯邦三世、次元大介、石川五右衛門、峰不二子：當面揭穿柯南身份，但得知原因不詳；
5．阿朗·斯密斯（已死）：臨死前柯南親自承認真實身份，但他並不知道新一身體縮小等情況。