赤井秀一知道柯南就是新一。赤井秀一是《名偵探柯南》裡一位喜歡戴針織帽的神秘FBI搜查官，開始無論是在漫畫，還是動畫片裡，一直沒有很明顯的說明他知道柯南就是新一，這正是片子的獨到之處。直到最新的漫畫，才正式揭曉了謎題。
名偵探柯南是很多人都喜歡的一部日本偵探推理動漫，每一集的故事設定都很出色，讓人看得很過癮。赤井秀一的第一次出場，應該是在《迷一樣的乘客》那一級，按照故事裡的時間來說，秀一是在紐約事件中第一次出現的，但是當時他和新一併沒有見面，只是見到了小蘭。
赤井秀一曾經是黑衣組織的成員，後來成為優秀的FBI探員，平日裡他化妝成衝矢昴，主要負責調查黑暗組織。在漫畫的最新的話裡，謎題終於被揭曉了，這一次秀一沒有化妝成衝矢昴，他打電話給弟弟的專用手機，告訴弟弟“和某一個高中生偵探一樣，他公開的身份已經死了”，他嘴裡所說的高中生偵探明顯就是工藤新一。
如此看來，赤井秀一應該很早就知道柯南的身份了，他在住進工騰家之後，就對這個小學生很好奇“這個小孩也太聰明瞭”，並且他本來就知道灰原哀變小的事情，所以他知道柯南就是工藤新一併不奇怪。
在96話中，服部平次發現了毛利小五郎和柯南的秘密，隨後知道了柯南的真實身份。
在福爾摩斯殺人事件中，剛開始柯南、小蘭和小五郎參加了福爾摩斯旅行團，但此次旅行的主辦人旅店的老闆金谷，被人鎖在車裡推下山崖還引發的爆炸，而被孤立無法與外界聯絡的旅客，因為不希望再出現死者，都集合在旅店房間裡，說自己已經知道兇手是誰的綾子，在車庫裡爆炸身亡，就在大家討論誰是兇手時，突然停電，藤澤被某人用碎冰錐刺傷。
兇手看似打破窗戶逃了出去，但柯南和服部發現兇手就在屋內，並且否定了兇手是老闆的猜測，而剛才的停電也是人為的。期間，服部一直很在意柯南的種種反應，對柯南產生了懷疑。事件漸漸明晰，服部和柯南知曉了兇手是誰以及他殺死老闆和綾子的手法。為了保護自己是工藤的秘密，柯南將服部麻醉說出真相，可讓他沒想到的是，就是這個舉動讓服部肯定了柯南就是工藤。
1、《名偵探柯南》怪盜基德是第219集知道柯南是工藤新一的。《名偵探的聚會：工藤新一vs怪盜基德》1個半小時特別篇，關於基德，之前有人說是第3部劇場版《世紀末的魔術師》，是因為基德裝成白鳥警官,發現柯南打電話給阿笠博士，然後又化裝成新一的樣子，為柯南解了圍（因為小蘭正懷疑她），這應該說是最早的了。但是在第219集《新一VS怪盜基德》裡，介紹了基德與在變小之前的新一的一次較量（他們並沒有真正碰面，新一甚至不知道小偷的名字），而且那個大背景正是在第76集《柯南VS怪盜基德》裡，準備偷鈴木財團暗夜星辰的基德回憶的往事。由此可見，在第76集裡柯南雖是第一次見到基德，而基德已經感覺到柯南似乎就是從前那個給他添麻煩的偵探，所以要說基德知道柯南身份最早是就在第76集，但具體說明如何知道的就是在第 219集裡。而《世紀末的魔術師》最後基德還扮成新一的樣子出現在蘭的面前，是最早體現出基德看穿了柯南 。
2、《世紀末的魔術師》裡，怪盜基德化裝成白鳥警官，並且偷來了復活節之蛋，在解開復活節之蛋的迷之後，在火中救出了柯南，在解迷過程中透過觀察知道了柯南就是工藤新一，最後在柯南要吐露真相時，假扮成工藤新一幫柯南掩飾了真相。
3、怪盜基德是馳騁於世界各地，神出鬼沒的大怪盜。技術一流，高超的易容術連柯南都能騙過。犯案之前經常狂妄的傳送犯罪預告函，即使這樣也能在眾目睽睽之下將寶石或美術品等目標盜走，是柯南最大的勁敵，雖然識破了柯南的真實身份，但沒有聲張。