1、第1集，雲霄飛車殺人事件；
2、第48集，外交官殺人事件(前篇)；
3、第49集，外交官殺人事件(後篇)；
4、第100集，初戀情人回憶事件；
5、第188集，洞窟內的偵探團；
6、第189集，負傷之下的名偵探；
7、第190集，第三個選擇；
8、第191集，黑衣騎士；
9、第192集，危命的復活；
10、第193集，約定的場所；
11、第286集，工藤新一紐約事件；
12、第287集，工藤新一紐約事件；
13、第288集，工藤新一紐約事件；
14、第472集，工藤新一少年的冒險；
15、第521集，殺人犯、工藤新一；
16、第522集，新一的真面目與蘭的眼淚；
17、第523集，真正想問的事。
在《名偵探柯南》中柯南變成新一的集數有以下：49集、190集、191集、192集、193集、521集、522集、523集。此外，在劇場版中《迷宮的十字路口》中柯南也曾變成過工藤新一過。
《名偵探柯南》這部動漫改編自青山剛昌創作的同名漫畫。這部動畫在1996年1月8日首播。講述了一個高中生偵探工藤新一和青梅竹馬的同學毛利蘭一同去遊樂園時，被人灌下了毒藥，再次醒來時，身體縮小，與小學生無異。
工藤新一因為怕再次被人陷害就以小學生的身份隱藏，化名江戶川柯南，並且寄住在小蘭家中，與小蘭一起生活。之後，他以江戶川柯南的身份再次開始了小偵探的生涯。
工藤新一雖然變小了，可是智商學識以及推斷能力都是線上的。柯南雖然在劇集中變回原來的樣子過，但是他並沒有完全的復原。
此外，柯南雖然在推理方面表現傑出，但對於感情問題卻比較遲鈍。
原因：一次新一在與青梅竹馬的女友毛利蘭去遊樂園遊玩時，發現兩個行動詭異的黑衣人。新一跟蹤他們直到交易現場，另一個黑衣人趁其不注意從後面將他一棒擊倒，並灌下一種名為APTX4869的神秘毒藥企圖殺他滅口，但因為副作用他的身體回到發育期的孩童狀態。
《名偵探柯南》是日本漫畫家青山剛昌的一部以偵探推理情節為主題的漫畫作品。講述了高中生偵探工藤新一被神秘的黑衣組織灌下代號為APTX4869的毒藥後身體縮小為小學生，因此隱瞞身份，調查組織的同時不斷解決各類案件的故事。初始創作於1994年，目前仍在日本小學館的漫畫雜誌《週刊少年Sunday》上連載。作品亦改編為同名電視動畫、真人版電視劇等。