1、蜂巢蜜能常溫儲存。蜂巢蜜能在常溫下儲存在，因為蜂巢蜜在蜂巢中可以儲存很常時間，它含有的蜂蠟和蜂膠都有不錯的殺菌防腐作用，使得這種蜂蜜在常溫下也能儲存一定的時間，正常情況下，蜂巢蜜在常溫的環境中儲存十到十五天是不會發生變質的。
2、蜂巢蜜能低溫儲存。蜂巢蜜是可以放在低溫環境中儲存的中，家中冰箱就是最好的選擇，把蜂巢蜜放在冰箱的冷藏室中，能抑制細菌活性，可以讓它儲存三個月左右不變質，如果把蜂巢蜜放入到冰箱的冷凍室中則可以儲存一兩年不變質。
3、蜂巢蜜能真空儲存。蜂巢蜜用真空儲存，也是一種不錯的選擇，真空環境中，所有的菌類都會失去活性，也有些細菌會進入休眠期，因此在真空狀態下的蜂巢蜜，能儲存三到五年不變質，但是開啟真空包裝以後，就要儘快食用或者把它存入到冰箱中，不然開啟的蜂巢蜜就會很快變質。
1、常溫儲存。蜂巢蜜在蜂巢中能儲存很長很長的時間，蜜蜂的時常替換，以及蜂蜜、蜂膠等自身又有一定的殺菌滅菌之效，因此，在常溫中，這種蜂蜜也能有一定的防腐效果，能在常溫下存放5~10天不變質。
2、冰箱儲存。冰箱是生活中儲存食物的最佳選擇，蜂巢蜜也一樣可以放冰箱中儲存防腐，冰箱的低溫會抑制菌類的活性，延長蜂巢蜜保質期，這種儲存方法能儲存1~3月，放冰凍層可儲存更長的時間，不經常開啟甚至能儲存半年左右。
1、容器選擇：
蜂巢蜜在長期儲存時不能用金屬容器，原因是蜂巢蜜本身是一種微酸性物質，長期使用金屬容器儲存蜂巢蜜易發生氧化反應而影響質量和保質期，另外蜂巢蜜也最好不要用塑膠容器長期儲存，那麼用什麼容器儲存蜂巢蜜最好呢？事實上長期儲存蜂巢蜜最好選擇陶瓷容器或玻璃容器。
2、嚴防進水：
蜂巢蜜在儲存過程中最害怕的是水分，原因是蜂巢蜜本身是糖的過飽和溶液且滲透壓非常高，高滲透壓下很多微生物無法正常生存，但若混入水分則易因微生物大量繁殖而變質，尤其是取用時一定要確保勺子的乾燥，事實上很多蜂巢蜜變質都是因取用時使用了帶水的勺子而導致的。
3、密封儲存：
蜂巢蜜密封儲存可以大大延長保質期，原因是密封能有效防止空氣中的微生物進入蜂巢蜜中，同時蜂巢蜜有較強的潤澤性易吸收空氣中的水分而導致變質，另外蜂巢蜜有較強的吸附性易吸附空氣中其他氣味而導致串味，例如蜂巢蜜長期與大蒜一起儲存會使蜂巢蜜帶有濃濃的大蒜味。
4、取用正確：
蜂巢蜜取用時一定要確保勺子的清潔，原因是勺子上附帶的東西極有可能會汙染蜂巢蜜，同時在取用蜂巢蜜時一定要用乾燥的勺子，用帶水的勺子取用蜂巢蜜會加快變質速度(原因前面已經說了)，另外取用完成後要及時將容器密封好，因為長時間敞開儲存也極容易導致蜂巢蜜變質。
5、總結：蜂巢蜜對儲存方式沒有要求，既可以在常溫下儲存，也可以放在冰箱中儲存，事實上蜂巢蜜只要密封好完全可以長時間儲存，但前提必須是自然成熟的蜂巢蜜，假蜂巢蜜可能很快就會變質。