1、漂洋出海，不知所終。有傳言建文帝泛舟出海，去了南洋，並在某個小島上過著自食其力的恬然隱居生活。
2、江蘇吳縣說《文匯報》的記者徐作生透過查閱文獻和親自到江蘇吳縣去考察，發現了建文帝出亡時遺留下的一些遺蹟、遺物，並結合文獻資料，認為建文帝當年離開紫禁宮後，削髮為僧，既沒有去神樂觀，也沒有去西南、東南周遊避難，而是被僧司溥洽所救，一直藏於江蘇吳縣普濟寺內，此後一心為僧，無復國之意。
3、四川望京寺說有人則認為建文帝在四川平昌佛羅寺躲藏過，並病逝於此，葬於寺後山坡上。建文帝之所以選擇佛羅寺，是喜歡這裡偏僻難尋，不容易被發現。因他常常面向京城的方向暗自哭泣，後人就把佛羅寺改稱望京寺。
4、還有一種說法，據《江油縣誌》記載：明朝建文帝，兵敗歸隱山林，具體地址不詳。
在中國的歷史上，曾經發生過不少令人驚奇，也無法解開的事情，比如明朝的建文帝的生死之謎，那麼古代中國第一懸案明朝建文帝生死之謎是怎樣的呢？接下來就跟隨本期的民間故事一起來看看吧！
明朝建文帝生死之謎
當年，明太祖朱元璋去世之後，燕王朱棣帶領精銳之師駕船擂鼓，從江北南下。建文帝派人過江議和，願意劃江為界，叔侄各佔一邊，但勝券在握的朱棣斷然拒絕了。
公元1402年六月初三，朱棣的部隊攻佔南京皇宮。當朱棣進入皇宮時，皇宮內正烈火熊熊，建文帝已不見蹤影。皇后以及七歲的皇太子文奎都不知去向。朱棣下令清宮三日，只找到了建文帝的第二個兒子——二歲的文圭。因此，幾百年來，建文帝的下落之謎一直困擾著人們。
據正史記載，朱棣在宮中找了三天後，“遣中使出帝后屍於火中”，即從火堆中扒出了皇帝和皇后的屍。由於屍已經被燒焦，因此難以認請到底是不是“帝后之屍”，但史書中依舊記載稱，朱棣撫屍痛哭，隨後下令禮儀隆重地安葬了這兩具焦屍。
但在民間，對於建文帝的下落還有另外幾種說法。《明史》中就說：“宮中火起，帝不知所終……或雲帝由地道出亡。”即有人說建文帝從地道中逃走，並記載著這樣的故事：建文帝“失蹤”三十九後之後，有一個年已九十的和尚從雲南到廣西，稱自己就是建文帝。當地政府嚇壞了，趕緊向朝廷彙報。朝廷派人查出這個和尚並不是建文帝，年齡也不相符。
而在目前，有關建文帝的下落，歸納起來大致可以分三種：一種是他在南京城破時，化裝潛逃到外地，並出家當了和尚；第二種說法是，建文帝是在朱棣率軍攻入南京後，放火自焚；最後一說則告訴人們，建文帝逃到海外去了。所以，持續了幾百年的大明王朝第一號疑案，直到今天還沒有完全解開。
經過長期的考證，初步確定建文帝的下落很可能在福建寧德上金貝村的一個古墓，證據如下（部分）：
1、 墓的格局和形制和當地大不同，採用的是五進佈局，三層六闊墓坪及墓頂的如意雲石刻，幾乎和明孝陵如出一轍，墓形符合明代“官帽椅造型”；
2、 在墓首的石刻上發現有龍形石刻，以龍為造型的，一般都是皇家獨有；
3、 墓前舍利塔上刻的兩行字“御賜金襴佛日圓明大師第三代滄海珠禪師之塔”，大家都知道有一個說法就是建文帝出逃前，穿的是朱元璋留下的袈裟，也叫“金襴”，朱元璋是皇帝，自然叫“御賜”、“圓明”，也可以說 明朝功德圓滿，最重要的是“第三代”，建文帝就是朱元璋第三代孫，而“滄海珠”有滄海遺珠的意思，珠字左右再對調就是“朱王”，也符合建文帝身份。