朱棣的大老婆徐皇后，於永樂五年病死。徐氏死後朱棣一直未立皇后。後宮有一位權賢妃，是從朝鮮選來的美女，美豔殊麗，能歌善舞，最受朱棣寵愛。不料永樂八年權氏隨朱棣率兵北征，死於歸途，害得朱棣為寵妃很掉了幾滴眼淚。
朱棣正為失去寵妃而悲傷之際，有宮女揭發說權氏是被呂妃串通太監和銀匠用砒霜毒死的。朱棣大怒，也不細查，即下令將被告下毒的太監、銀匠處死，對呂氏則採用酷刑，用烙鐵直烙了一個月才死。受呂氏牽連而被殺者達數百人。揭發呂氏毒死權妃的人也姓呂，是一位朝鮮商賈的女兒，史書稱其為“賈呂”。
永樂十八年，朱棣準備立為皇后的寵妃王氏暴死，而恰於此時，皇宮內又有人告發賈呂、魚氏與宦者“通姦”。明朝後期的皇帝對此類事，往往採取聽之任之的態度。明熹宗甚至還親自將宦官與宮女結為對食的。朱棣卻勃然大怒。賈呂、魚氏懼禍，上吊自殺。
朱棣並不罷休，又興株連之法，拘捕與賈呂親近的宮婢，親自審訊，看賈呂等人是否還有其他陰謀。宮婢受了酷刑，竟誣服稱後宮有人要謀害皇帝。這一口供，激起朱棣嗜殺本性。於是，接連有更多的人被抓，更多人的屈打成招。百連千扯，自承“謀逆”的宮婢侍女，竟然達近三千人之多。
明成祖朱棣功過如下：
功：政治上改革機構，設定內閣；對外五次親征蒙古，收復安南，並於東北設奴兒干都司，在西北置哈密衛，在西南置大古刺、底馬撒、底兀刺等宣慰司，又設貴州承宣布政使司，鞏固了南北邊防，維護了中國版圖的完整；多次派鄭和下西洋，加強了中外友好往來，加強對南海的經營；還命人編修《永樂大典》，疏浚大運河。
過：誅滅十族，朱棣即位後，請方孝孺為他起草登基公告，為思想正統、極端忠於前皇的方孝孺所拒絕。祝枝山所著的《 野記》記載，方孝孺十族八百多人被殺。
1、明成祖朱棣是歷史上爭議頗大的一位帝王，他立有不世之功，創造了明初盛世，但他好大喜功，多疑好手上沾滿了鮮血。總體來說是功大於過。
2、朱棣十一歲就被父親朱元璋封為燕王，並於二十一歲就番北京，當時蒙元的勢力雖然已經被趕到了大草原上，但還具有相當強的軍事實力，並不斷騷擾明朝的北部邊境。因此北京並不安寧，它是作為一個軍事重鎮而存在的。朱元璋將朱棣分封在北京，就是希望自己的兒子能代替功臣宿將掌握兵權，從而使明朝的政權更加穩固。可誰知就是這個四皇子，竟利用手中的兵權最終奪取了皇帝的位子，這是當初朱元璋無法預料到了。
3、朱棣在北京期間，在眾多忠臣猛將的指導下，迅速成長為了一位合格的軍事指揮家，並在對元朝的作戰中取得了重大的勝利，自己的軍事實力得到了加強，在洪武末年已經成為北方最強的一鎮諸侯。朱元璋去世後，皇太孫朱允文即位，年號建文。建文帝即位之初除了進行一系列的必要的改外，便在齊泰等人的提議下開始削番。在先後削奪了五位番王后，建文帝的矛頭直指燕王朱棣。朱棣也立即採取行動，殺死了朝廷派到北京的駐守大臣，發動靖難。由於洪武時期的功臣已經被朱元璋殺戮待盡，因此朝廷只得派一些年輕將領掛帥。但由於朝廷的兵力強大，雙方還是處在一個拉鋸戰的形勢下。而此時建文帝的軟弱就暴露了出來，由於它的一些列決策錯誤，加之朱棣直導南京策略的成功，建文四年，朱棣佔領了南京，建文帝不知所終。在群臣的“勸說”下，朱棣在南京即位，年號永樂。
4、永樂初年，為清除建文餘黨，朱棣採取了血腥的政策，“瓜蔓抄”，“殺十族”都是在這一時期產生的，有個文人犯了罪，不光他的親戚九族，而且他的朋友也要被株連處死，這就叫殺十族。當時的恐怖氣氛可見一斑。太監的勢力在永樂朝也得到了充分的發展，許多太參與到了政治中來，併成為了舉足輕重的人物。永樂時期的一個重大事件就是鄭和下西洋。 朱棣的另一個壯舉就是建造紫禁城，當時北方還不安定，隨時都有戰爭的可能，南京距離較遠，指揮不便，因此朱棣下旨建造紫禁城，準備遷都。1416年開始修建阿北京宮殿，1421年正式遷都北京。朱棣在文治上也頗有建樹，《永樂大典》的編纂就足以證明。《永樂大典》是解縉等人組織編修的，被譽為古代類書之冠。與清代的《四庫全書〉相比，《永樂大典》更具價值，因為他對古代的書集只是做了收集、整理、分類，並沒有大的改動。而滿清統治者編的《四庫全書》對於反映民族戰鬥精神的作品儘量抽毀，對於不得不收錄的名家名作則大肆篡改。因此《永樂大典》無愧於古代類書的稱號。
5、永樂十年以後，為打擊北元蒙古殘部，緩解其對明朝的威脅，朱棣開始了北征，而且隨著年齡的增長，北征的頻率越來越快。1424年7月，朱棣在第五次北征時，病逝於榆木川，在位22年，終年65歲，葬於北京昌平天壽山下的長陵。