木瓜：大體上分為藥用木瓜皺皮木瓜和食用木瓜。藥用木瓜主要是皺皮木瓜，皺皮木瓜屬於薔薇科木瓜屬，植株為小喬木或者灌木，樹高在3到10米不等，所結的果實主要是藥用，表皮粗糙。食用木瓜主要是青木瓜或番木瓜，青木瓜屬於番木瓜屬，植株為常綠小喬木，表皮光滑，果實略苦澀，糖分低，果漿味濃，主要是當作水果食用，也可作為蔬菜食用。
哈密瓜：屬於甜瓜屬、葫蘆科，果實呈橢圓形或圓形，肉質脆硬且糖分高，氣味香濃、口感脆甜。哈密瓜種類比較多，按表皮分為網紋皮哈密瓜和光皮哈密瓜；按成熟期分為早熟瓜、夏瓜和冬瓜，果肉有橙色、白色和綠色等多個品種，營養價值都比較高。
它們的主要區別：
1、木瓜大多指的是青木瓜，是一種具有美白護膚、促消化等功效的水果，但木瓜性寒，不宜多吃。
2、哈密瓜富含多種營養物質，具有非常好的美容保健功效，但哈密瓜含糖量太高，因此高血糖、糖尿病患者不宜食用。
3、木瓜籽是圓的黑的，而哈密瓜籽是扁扁的；木瓜果肉呈暗黃色，哈蜜瓜果肉呈白色；木瓜的外皮比哈密瓜更柔軟。
1、產地不同
蜜瓜又名香瓜，產於美國、義大利、以色列、日本和南非等地，成熟期為5-9月。哈密瓜盛產於中國新疆，成熟期為7-9月。由於新疆哈密市所產最為著名，因此稱此瓜為哈密瓜。
2、果肉顏色不同
哈密瓜的果肉是黃色的，表面有粗糙的網狀花紋，形狀多數會比蜜瓜稍大，蜜瓜表面有光滑、呈蠟狀，外皮多是白色再帶點淡淡的綠色。
1、科屬不同。木瓜和番木瓜的科屬不同。木瓜就是我國傳統的木瓜，市場的宣木瓜說的就是木瓜這種水果；它是薔薇科木瓜屬的植物；而番木瓜則是木瓜科番木瓜屬的植物；所以它們是兩個完全不同科的水果。
2、果實外形不同。番木瓜和木瓜果實的外形和顏色都是不同的。一般番木瓜的果實是長圓球形的，成熟之後的果實顏色表現為橙黃色或者是黃色人，果實切開之後裡面的種子是呈現不規則分佈的。木瓜的果實一般是長橢圓形的，果實成熟之後顏色一般是暗黃色，顏色沒有番木瓜亮麗，將木瓜切開之後，裡面的種子是分在五室的，非常的有規則，所以跟番木瓜是完全不同的。
3、花色不同。木瓜和番木瓜開花的時候，它們的花朵顏色也是不同的，所以我們在花期也是可以分辨出來的。番木瓜開花的時候，顏色一般是乳黃色或者是黃白色；但是木瓜開花的時候，顏色一般是淡淡的粉紅色，或者是分鐘帶有一點點紫色。還有就是花朵的形狀也是不同的，我們也能很好的區分。
4、營養價值和功效不同。木瓜和番木瓜的營養價值和功效是不同的，如果吃錯對身體是會產生不一樣的效果的。木瓜含有豐富的有機酸、維生素，食用木瓜可以起到催奶、止痛、增強免疫力的作用。番木瓜則主要用作藥用，它含有大量的木瓜酶、木瓜鹼，有很好的減肥和美容效果，所以在我們的生活中常被用來製作成各種護膚品、化妝品等。
5、口感不同。木瓜和番木瓜在品嚐的時候他們兩者之間的口感還是有很大的去唄的。木瓜吃起來一般是比較酸澀的，所以我們經常會進行醃漬之後再進行食用；而番木瓜的口感則是酸甜的，一般只要將裡面的種子去除，然後將皮削掉就可以吃了。