修建的年限不同：杭州站修建於1906年，歷史悠久。杭州東站，修建於2008年。
車站的規模不同：杭州東站總佔地面積為34萬平方米，杭州站佔地面積為5萬餘平方米。
每日執行的班次數量不同：杭州東站每日30條列車線路，有磁懸浮列車。杭州站每日9條列車。
所在的地理位置不同：杭州東站位於浙江省杭州市江乾區全福橋路2號。杭州站位於浙江省杭州市上城區環城東路1號。公交和地鐵線路也有所不同。
歷史文化底蘊不同：杭州站近於清光緒三十二年，擁有近100年的歷史沿革。杭州東站近期才開始投入建設。
線路不同：杭州站主要的線路是滬昆鐵路和宣杭鐵路，杭州東站在此基礎上又添加了驍勇鐵路，滬昆高速鐵路，民航高速鐵路，杭甬高速鐵路，杭黃高速鐵路。杭州東站到達的目的地更多，更廣。
在購票的時候就能看到自己的出發站，在車票上也能看到自己的出發站。
杭州站和杭州東站不是一個站。杭州東站在杭州市江乾區全福橋路2號，杭州站在杭州市上城區環城東路1號。杭州東站樞紐地處杭州市中心城區的“東大門”，是接軌上海、連線蘇南、輻射浙江各地的中心節點和橋頭堡，也是杭州最重要的交通樞紐。杭州站又名城站火車站，位於中國浙江省杭州市，由中國鐵路上海局集團有限公司管轄客運一等站，是中國“八縱八橫”高速鐵路網路，沿海通道上一個重要客站，也是杭州鐵路樞紐的主客站之一，同時是彙集城市快速公交系統、軌道交通和各類車輛等多種交通方式的大型的綜合客運交通樞紐。
杭州：
杭州簡稱杭，古稱臨安、錢塘，是浙江省省會、副省級市、杭州都市圈核心城市，國務院批覆確定的中國浙江省省會和全省經濟、文化、科教中心、長江三角洲中心城市之一。杭州地處中國華東地區、錢塘江下游、東南沿海、浙江北部、京杭大運河南端，是環杭州灣大灣區核心城市、滬嘉杭G60科創走廊中心城市、國際重要的電子商務中心。杭州人文古蹟眾多，西湖及其周邊有大量的自然及人文景觀遺蹟，具代表性的有西湖文化、良渚文化、絲綢文化、茶文化，以及流傳下來的許多故事傳說。
杭州南站和杭州東站的主要區別是：車站地址不同、車站規模不同、主要線路不同。
1、車站地址不同
杭州南站的車站地址位於浙江省杭州市蕭山區站前路1號；而杭州東站的車站地址位於浙江省杭州市江乾區全福橋路2號。
2、車站規模不同
建築面積為22.8萬平方米，站臺規模：7臺21線；而杭州東站的建築面積為34萬平方米，站臺規模：15臺30線。
3、主要線路不同
杭州東站的主要線路為：滬昆鐵路、宣杭鐵路、蕭甬鐵路、滬昆高速鐵路、寧杭高速鐵路、杭甬高速鐵路、杭黃高速鐵路；而杭州南站的主要線路為：滬昆鐵路、蕭甬鐵路、杭甬高速鐵路、滬昆高速鐵路、杭黃高速鐵路等。