1、主線劇情是高中生偵探工藤新一和青梅竹馬的同學毛利蘭一同去遊樂園玩的時候，目擊了黑衣男子的可疑交易現場。
2、只顧偷看交易的工藤新一，卻忽略了從背後接近的另一名同夥。他被那名男子灌下了毒藥，當他醒來時，身體居然縮小了。
3、縮小後的新一在阿笠博士的建議下他決定隱瞞身份，化名江戶川柯南，寄住在父親以偵探為業的小蘭家中。謎團重重的黑衣組織，他所瞭解的，就只有他們是以酒的名稱作為代號的。為了揭露那些傢伙的真面目，小小偵探江戶川柯南開始大顯身手！
1、主線劇情是高中生偵探工藤新一和青梅竹馬的同學毛利蘭一同去遊樂園玩的時候，目擊了黑衣男子的可疑交易現場。
2、只顧偷看交易的工藤新一，卻忽略了從背後接近的另一名同夥。他被那名男子灌下了毒藥，當他醒來時，身體居然縮小了。
3、縮小後的新一在阿笠博士的建議下他決定隱瞞身份，化名江戶川柯南，寄住在父親以偵探為業的小蘭家中。謎團重重的黑衣組織，他所瞭解的，就只有他們是以酒的名稱作為代號的。為了揭露那些傢伙的真面目，小小偵探江戶川柯南開始大顯身手！
1、計時引爆摩天樓：新一收到了來自世界知名建築家，森谷教授於其宅邸舉行的晚會的請帖。柯南、小蘭和小五郎應邀出席，此即為事件的開端。此後發生了作為特殊火藥的塑膠炸彈大量失竊的案件，那個自稱兇手的男子打來預告電話，與柯南展開博弈，犯人再次向那裡打電話。隨後，兇手連續發來炸彈預告。城市陷入了恐慌。
2、迷宮的十字路：春天，櫻花的季節。東京、大阪、京都的5名男子遭到殺害。5人是屢次盜竊佛像、美術品的“盜賊團源氏螢”的成員，相互以義經和他的隨從的名字稱呼。警視廳的目暮警部一行人、大阪府警大瀧警部、京都府警綾小路警部開始聯合調查。與此同時，小五郎接到某個寺院的委託，與柯南等人一同到達了京都。東、西名偵探柯南、平次，齊心協力化解挑戰。
名偵探柯南最新主線劇情共有30餘篇：
走投無路的名偵探：連續兩大殺人事件，小蘭第二次懷疑柯南的身份，工藤優作和工藤有希子出現，有希子演出電視劇《危險女警物語》柯南差點被小蘭識破，群馬縣山村刑事初登場。浪花連續殺人事件：沼淵已一郎登場，後來柯南得知他只是組織裡的小角色，是組織培養殺手的失敗作品。遠山和葉初登場。黑暗之中的死角：新出智明登場，妃英理最後也出現。這是真正的新出智明在345集三方對決前唯一的一次出場。為保護無辜的女傭，警方修改的了案件的紀錄，隱瞞了真實的作案手法，這一點只有真正的新出智明知道，而後來假扮新出的貝爾摩德只通過偷來的警方筆錄知道了偽造的案情，所以這一點日後也被朱蒂用來指證貝爾摩德假扮新出智明。