天漢二年（公元前99年），李陵投降匈奴，漢武帝大怒，司馬遷為投降的李陵解釋辯護，漢武帝一怒之下對他實施宮刑（在古代僅次於死刑，是奇恥大辱），此時的司馬遷因為《史記》未完成，父親遺志未能執行，因此即使身處監獄之中，司馬遷依舊發奮圖強，自強不息，忍受了常人所不能忍受的痛苦，繼續編寫《史記》。司馬遷出獄後任中書令，繼續發憤著書，終於於公元前91年完成了《史記》。
天漢二年（公元前99年），李陵投降匈奴，漢武帝大怒，司馬遷為投降的李陵解釋辯護，漢武帝一怒之下對他實施宮刑（在古代僅次於死刑，是奇恥大辱），此時的司馬遷因為《史記》未完成，父親遺志未能執行，因此即使身處監獄之中，司馬遷依舊發奮圖強，自強不息，忍受了常人所不能忍受的痛苦，繼續編寫《史記》。司馬遷出獄後任中書令，繼續發憤著書，終於於公元前91年完成了《史記》。
司馬遷忍辱負重寫《史記》主要從三個方面來說：
1、父親遺命，其家族的祖先在上古時代就是掌管天文曆法的官員，但到後來隨著朝代更替就其家族就中斷了這個事業，因此司馬遷之父司馬談在朝任史官有願望將自古以來的各家史書整合起來，並在臨死前囑託司馬遷幫他實現這個願望；
2、青年遊歷，司馬遷在年輕時到國家各地遊歷，觀察了各地的地理，特產，風俗，歷史及歷史人物的神話傳說等。為其更好的完成史記打下了一定的資料基礎；
3、挫折激勵，司馬遷為李凌降敵辯解而遭受腐刑，在痛苦中他看清了世態炎涼：李凌將軍以八千歩卒斬殺匈奴士兵過萬，功勞顯著，可臣下們為了給帶兵總帥李廣利解脫罪責就把失敗的責任完全推給了因筋疲力竭而投降的李凌將軍。司馬遷仗義替李凌求情時卻無人響應而慘遭不幸。他希望透過史記來讓後人來評判他是怎樣一個人，這個事做的對不對。
據歷史故事的記載，司馬遷在公元時期撰寫史記的時候，遇到了李陵事件，從而影響了司馬遷當時的寫作，當時司馬遷忍辱負重，忍受著酷刑，正因為還沒有完成史記，他才忍辱負重地活了下來。讓我們一起來看看當時的故事經過。
天漢二年（公元前99年），正當司馬遷全身心地撰寫《史記》之時，卻遇上了飛來橫禍，這就是李陵事件。
這年夏天，武帝派自己寵妃李夫人的哥哥、二師將軍李廣利領兵討伐匈奴，另派李廣的孫子、別將李陵隨從李廣利押運輜重。李廣帶領步卒五千人出居延，孤軍深入浚稽山，與單于遭遇。匈奴以八萬騎兵圍攻李陵。經過八晝夜的戰鬥，李陵斬殺了一萬多匈奴，但由於他得不到主力部隊的後援，結果彈盡糧絕，不幸被俘。
李陵兵敗的訊息傳到長安後，武帝本希望他能戰死，後聽說他卻投了降，憤怒萬分，滿朝文武官員察言觀色，趨炎附勢，幾天前還紛紛稱讚李陵的英勇，現在卻附和漢武帝，指責李陵的罪過。漢武帝詢問太史令司馬遷的看法，司馬遷一方面安慰武帝，一方面也痛恨那些見風使舵的大臣，盡力為李陵辯護。他認為李陵平時孝順母親，對朋友講信義，對人謙虛禮讓，對士兵有恩信，常常奮不顧身地急國家之所急，有國士的風範。司馬遷痛恨那些只知道保全自己和家人的大臣，他們如今見李陵出兵不利，就一味地落井下石，誇大其罪名。他對漢武帝說：“李陵只率領五千步兵，深入匈奴，孤軍奮戰，殺傷了許多敵人，立下了赫赫功勞。在救兵不至、彈盡糧絕、走投無路的情況下，仍然奮勇殺敵。就是古代名將也不過如此。李陵自己雖陷於失敗之中，而他殺傷匈奴之多，也足以顯赫於天下了。他之所以不死，而是投降了匈奴，一定是想尋找適當的機會再報答漢室。”
司馬遷的意思似乎是二師將軍李廣利沒有盡職盡責。他的直言觸怒了漢武帝，漢武帝認為他是在為李陵辯護，貶低勞師遠征、戰敗而歸的漢武帝李夫人的哥哥李廣利，於是下令將司馬遷打入大牢。
司馬遷被關進監獄以後，案子落到了當時名聲很臭的酷吏杜周手中，杜周嚴刑審訊司馬遷，司馬遷忍受了各種肉體和精神上的殘酷折磨。面對酷吏，他始終不屈服，也不認罪。司馬遷在獄中反覆不停地問自己“這是我的罪嗎？這是我的罪嗎？我一個做臣子的，就不能發表點意見？”不久，有傳聞說李陵曾帶匈奴兵攻打漢朝。漢武帝信以為真，便草率地處死了李陵的母親、妻子和兒子。司馬遷也因此事被判了死刑。
據漢朝的刑法，死刑有兩種減免辦法：一是拿五十萬錢贖罪，二是受“腐刑”。司馬遷官小家貧，當然拿不出這麼多錢贖罪。腐刑既殘酷地摧殘人體和精神，也極大地侮辱人格。司馬遷當然不願意忍受這樣的刑罰，悲痛欲絕的他甚至想到了自殺。可後來他想到，人總有一死，但“死或重於泰山，或輕於鴻毛”，死的輕重意義是不同的。他覺得自己如果就這樣“伏法而死”，就像牛身上少了一根毛，是毫無價值的。他想到了孔子、屈原、左丘明和孫臏等人，想到了他們所受的屈辱以及所取得的驕人成果。司馬遷頓時覺得自己渾身充滿了力氣，他毅然選擇了腐刑。面對最殘酷的刑罰，司馬遷痛苦到了極點，但他此時沒有怨恨，也沒有害怕。他只有一個信念，那就是一定要活下去，一定要把史記寫完，“是以腸一日而九回，居則忽忽若有所亡，出則不知所往。每念斯恥，汗未嘗不發背沾衣也。”正因為還沒有完成史記，他才忍辱負重地活了下來。