1、沒有農村房屋產權證：沒有確權的房屋，意味著無法進行不動產備案，這樣是無法申辦農村房屋產權證的，也就是沒有房產證。
2、不能進行抵押貸款：房屋之所以要進行確權，其主要目的是讓村民具備房屋與土地的有關產權，確權以後，農民不僅能夠獲取產權證，同時還可以將它用來抵押貸款。對於沒有進行確權的房屋，是無法進行抵押貸款的。
3、徵收時補償有糾紛：房屋沒有進行確權，那麼在面對拆遷或徵收時，補償很有可能會少一些，從而容易引發糾紛。
1、沒有農村房屋產權證：沒有確權的房屋，意味著無法進行不動產備案，這樣是無法申辦農村房屋產權證的，也就是沒有房產證。
2、不能進行抵押貸款：房屋之所以要進行確權，其主要目的是讓村民具備房屋與土地的有關產權，確權以後，農民不僅能夠獲取產權證，同時還可以將它用來抵押貸款。對於沒有進行確權的房屋，是無法進行抵押貸款的。
3、徵收時補償有糾紛：房屋沒有進行確權，那麼在面對拆遷或徵收時，補償很有可能會少一些，從而容易引發糾紛。
如果是存在以下三類情況，不予確權的土地將會被收回：
1、未經許可開荒的土地
未經許可開荒的而土地，則不予確權，原則上交予開荒者繼續使用，待農村集體組織有其他規劃，則會收回其使用權。
2、違法佔用耕地、基本農田作為宅基地建房
農民修建房屋，必須獲得宅基地使用權證書，如果確權此項證書則屬於違規違法建房，如果是濫用耕地、基本農田，則不予確權登記，還將會被農村集體組織收回，重新分配。
3、廢棄、閒置宅基地
此類宅基地也將會被農村集體組織收回。
《確定土地所有權及使用若干規定》第二條規定，土地權屬爭議，由土地管理部門提出處理意見，報人民政府下達處理決定或報人民政府批准後由土地管理部門下達處理決定。
《確定土地所有權及使用若干規定》第五十二條規定，空閒或房屋坍塌、拆除兩年以上未恢復使用的宅基地，不確定土地使用權。已經確定使用權的，由集體報經縣級人民政府批准，登出其土地登記，土地由集體收回。
農村房屋確權是為了保持農民對於自己房屋的合法權益。農民可以依法享有宅基地的使用權、佔有權，農民有了房產證，在未來對於房屋權屬變更、轉讓、評估、抵押等都有重要的法定依據。有了房產證，可以避免許多因房產引起的糾紛問題。
農村房屋只要進行登記確權就會下發房屋房產證，也就是和城市商品房一樣擁有了不動產證。以後農村房屋人人都有不動產證，有了不動產證就可以享有對自己房屋的所有權。
農村房屋確權後就等於擁有不動產證，也就是說宅基地的使用權變成農民的固有財產，農民憑此證可以向銀行申請房屋抵押。在房屋確權前，農民不能用房子抵押，貸款是相當困難的。有了房產證，需要貸款的村民就要方便許多。
以前農村房屋沒有房產證，國家在徵農村房屋拆遷時，容易產生糾紛，現在有了房產證後，只要看到房產證，就能明確拆遷賠償問題，避免不少糾紛。