1、繳費標準不同。一檔：是以職工月工資總額的8.2%或7.2%的標準按月繳費，其中個人只需交2%，單位交6.2%或5.2%。二檔：是以深圳市上年度在崗職工月平均工資為基數，繳費比較為0.8%，其中單位交0.6%，個人交0.2%。三檔：也是以深圳市上年度在崗職工平均工資為基數，繳費比例為0.55%，其中單位交0.45%，個人交0.1%。
2、住院報銷待遇。一檔和二檔：在定點醫院發生的醫療費用可按95%或90%報銷。三檔參保人在不同醫院就醫報銷比例不同，在一級醫院就醫按85%報銷，二級醫院按80%報銷，三級醫院按75%報銷。
3、普通門診待遇不同。參加一檔的參保人，是有醫保個人賬戶的，其賬戶餘額可用於支付醫療費用，在杜康中心發生的費用70%由個人賬戶支付，30%由統籌基金支付。參加二檔、三檔的話則沒有醫保個人支付。若發生甲類藥品、乙類藥品，門診統籌可按80%、60%報銷。發生醫保目錄單項診療或醫用材料可按90%報銷，最高報銷額度不超過120元。每年門診醫療費的支付限額為1000元。
1、就醫原則
一檔參保人：市內任一定點醫療機構就醫。
二檔參保人：門診在繫結社康中心就醫，住院在市內任一定點醫療機構就醫，門診大病在規定醫療機構就醫。
三檔參保人：門診在繫結社康中心就醫，住院及門診大病在規定醫療機構就醫。
2、普通門診待遇
一檔參保：人個人賬戶用於支付參保人普通門診醫保目錄範圍內的醫療費用。社康中心的基本醫療費用，70%由個人賬戶支付，30%由統籌基金按規定支付。
二檔參保人/三檔參保人：
屬於甲類藥品和乙類藥品的，分別由社群門診統籌基金按80%和60%的比例支付;
屬於醫保目錄的單項診療或醫用材料的，由社群門診統籌基金支付90%，但最高支付金額不超過120元。
社群門診統籌基金支付給每位二檔、三擋參保人的門診醫療費用在一個醫療保險年度總額不超過1000元。
3、個人賬戶家庭共濟
一檔參保人：個人賬戶積累額超過本市上年度在崗職工平均工資的5%，超過的部分可以到定點藥店購買醫保目錄範圍的非處方藥;可以為本人及其已參加本市基本醫療保險的配偶 和直系親屬支付其在定點醫療機構就診時自付的基本醫療費用、地方補充醫療費用;可以為本人及其已參加本市基本醫療保險的配偶和直系親屬的健康體檢、預防接 種費用。
二檔參保人/三檔參保人：無
4、個人賬戶不足支付
一檔參保人：一檔參保人連續參保滿一年，在同一個醫保年度內自付的門診基本醫療費用和地補醫療費用超市在崗職工平均工資5%的，超過部分由統籌基金按規定支付70%(年滿70週歲以上支付80%)。
二檔參保人/三檔參保人：無
5、門診大型裝置檢查和治療所發生的費用
一檔參保人：由統籌基金按規定支付80%。
二檔參保人/三檔參保人：按普通診療專案單價最高不超過120元支付。
6、普通門診輸血費用
一檔參保人：由統籌基金按規定支付90%。
二檔參保人/三檔參保人：由統籌基金按規定支付70%。
7、門診大病待遇
一檔參保人/二檔參保人/三檔參保人：根據連續參保時間長短由統籌基金按規定支付60%-90%。
8、體檢補助
一檔參保人：退休時一次性500元，每人每月20元(滿70週歲為每人每月40元)。
二檔參保人/三檔參保人：無
9、住院待遇
一檔參保人：住院發生的基本醫療費用和地方補充醫療費用起付線以上部分按規定支付95%或90%。
二檔參保人/三檔參保人：
（1）可到繫結的社康中心結算醫院住院，或經結算醫院轉診到規定醫院住院，所發生的基本醫療費用和地方補充醫療費用，在住院起付線以上的部分報銷比例為：
一級醫院：85%
二級醫院：80%
三級醫院：75%
（2）如果不經過轉診，到結算醫院以外的規定醫院住院，按就診醫院的住院支付標準的90%支付(即上述第1條支付標準)。
在市外就醫的待遇
一檔參保人：普通門診費用、大病門診費用、住院費用都可按規定報銷。
二檔參保人/三檔參保人：普通門診費用不予報銷;符合規定的大病門診費用和住院費用可按規定報銷。
享受醫療待遇不一樣。
就醫原則：
一檔參保人：市內任一定點醫療機構就醫。
二檔參保人：門診在繫結社康中心就醫，住院在市內任一定點醫療機構就醫，門診大病在規定醫療機構就醫。
三檔參保人：門診在繫結社康中心就醫，住院及門診大病在規定醫療機構就醫。
普通門診待遇：
一檔參保：人個人賬戶用於支付參保人普通門診醫保目錄範圍內的醫療費用。社康中心的基本醫療費用，70%由個人賬戶支付，30%由統籌基金按規定支付。
二檔參保人/三檔參保人：
屬於甲類藥品和乙類藥品的，分別由社群門診統籌基金按80%和60%的比例支付;
屬於醫保目錄的單項診療或醫用材料的，由社群門診統籌基金支付90%，但最高支付金額不超過120元;
社群門診統籌基金支付給每位二檔、三擋參保人的門診醫療費用在一個醫療保險年度總額不超過1000元。