蛋白質的水解程度不同：深度水解配方是將大分子牛奶蛋白水解成短肽及遊離氨基酸，深度水解配方相對於適度水解配方水解程度要更高，適度水解配方是將牛奶蛋白水解為小分子蛋白、肽和氨基酸。
深度水解奶粉屬於醫用的特殊奶粉，主要用於緩解程度高的牛奶蛋白過敏，適度水解奶粉大多數屬於普通奶粉，用於預防以及緩解輕微的牛奶蛋白過敏。
奶粉是以新鮮牛奶或羊奶為原料，用冷凍或加熱的方法，除去乳中幾乎全部的水分，乾燥後新增適量的維生素、礦物質等加工而成的衝調食品。
嬰兒奶粉多是以牛乳作為基本原料再將之“母乳化”而成，也就是儘量模擬人類母乳的成分製作，一般嬰兒奶粉吃到一歲左右，都不會有營養缺乏的顧慮。
1、營養成分不同：3段奶粉和4段奶粉是按照幼兒在不同年齡的成長需求設計的不同配方奶粉，成分上有所不同。
2、使用年齡段不同：3段適合1-3週歲的幼兒，4段奶粉適合3-6週歲的兒童在幼兒1-3週歲，是骨骼、牙齒生長的重要時期，所以3段奶粉會新增牛磺酸、鈣、鐵等礦物質和多種維生素，以保證寶寶可以獲取構成骨骼、牙齒的充足的營養成分。3段奶粉還會有適合這一階段寶寶成長所需的脂肪酸、亞油酸、蛋白質等養素，給寶寶的成長奠定一個堅實的基礎。而到了3-6歲，寶寶的成長會更側重智力的發育，寶寶會透過與周圍人們的交往和學習，獲得文化知識和積累生活經驗。適合這一階段寶寶的4段奶粉在成分上會更側重助力大腦的發育，只有補充足夠的營養才能讓寶寶成長得更聰明。
1、營養含量不同：2段奶粉的營養含量會比2段奶粉更高;2、注重發育部位不同：2段奶粉著重促進寶寶的腦智力和視力發育，而3段奶粉則更注重寶寶的骨骼和牙齒生長。3、礦物質含量不同：2段奶粉營養含量更高，3段奶粉還增加了款物質和微生物成分。
2段奶粉和3段奶粉有什麼不同
1、營養含量不同
相對於3段奶粉來說，2段奶粉的營養含量會更高一些，蛋白質含量也更豐富，而3段奶粉主要是針對1歲以上的寶寶食用的，這個時候寶寶營養的攝入已經不僅僅依靠奶粉了，所以營養含量會比2段低一些。
2、注重發育部位不同
2段奶粉適合6個月以上的寶寶食用，這個階段的寶寶生長髮育會更快一些，對蛋白質、能量等一些營養物質的需求也會加大，再加上寶寶這個時期腦細胞發育快速，也要著重促進孩子的腦智力和視力發育，2段奶粉能很好的滿足這一需求。3段奶粉相對更注重寶寶的骨骼和牙齒生長，寶寶1歲之後，骨骼和牙齒生長速度加快，需要補充充足的鈣含量，因此3段奶粉中鈣含量會增加。
3、礦物質含量不同
在2段奶粉中，裡面的營養素含量會更高一些，而在3段奶粉中，除了必須的營養素之外，還會新增鈣、鐵等礦物質和其它的多種微生物成分，從而保證寶寶營養吸收均衡。