在橋上開車的時候還是採用內地右側通行規則，車輛到達香港或澳門口岸後，根據交通標誌的指引再轉為左側通行。這樣做的好處就是可以給大陸的司機一個適應的時間，避免在開車途中產生違章，對於大陸車透過港珠澳大橋的時候，需要辦理相關的證件，如果是經常需要往來於大陸和港澳地區的話，可以申請跨境私家車配額，可以在有效期內多次進出港澳市區。
很多司機會擔心在香港澳門出現交通事故的理賠問題，根據相關的資料顯示，粵港、粵澳兩地牌車按照現行的機動車保險及理賠制度執行。通行大橋不入珠海的港、澳車輛，經大橋跨界通行時，應購買與通行期限相匹配的內地機動車交通事故責任強制險，這是為了在開車的時候有一個比較好的保障。
如果是在大橋上發生了交通事故的話，在確保安全的前提下對事故現場進行拍照，並且及時的聯絡保險公司進行備案，如果沒有人員傷亡的話，拍完照片保留好就可以離開現場，按照指引進行事故後續處理及保險理賠。
內地的跨境貨運車輛以及跨境私家車，可以通行。其餘內地車輛不可通行。
根據目前港珠澳大橋的通行規定，只有跨境貨運車輛、穿梭巴士、跨境計程車、跨境巴士、跨境私家車五種型別的車可以上橋透過。
現時粵港跨境貨車可以免辦手續透過港珠澳大橋（但不包括往來福田保稅區的貨車）。也就是說，有粵港兩地牌的貨車（但不包括往來福田保稅區的貨車），可以直接上橋通行。隨車人員必須攜帶出入兩地的相關證件。
跨境私家車，指的是擁有粵港兩地牌照的車輛。以往已經獲批的皇崗、文錦渡、沙頭角和深圳灣口岸的粵港兩地車，可以免加簽直接行走大橋（暫定期限為兩年）。如果不是粵港兩地牌照的私家車，是不能上橋的。
附港珠澳大橋收費標準：
收費標準：普通1--5類貨車（不含集裝箱車）60元每車次；貨櫃車4--5類車型（20英尺集裝箱車、40英尺集裝箱車）115元每車次。
目前只有貨運車輛、穿梭巴士、跨境計程車、跨境巴士、跨境私家車五種型別的車可以上橋透過。
跨境私家車，指的是擁有粵港兩地牌照的車輛。以往已經獲批的皇崗、文錦渡、沙頭角和深圳灣口岸的粵港兩地車，可以免加簽直接行走大橋（暫定期限為兩年）。如果不是粵港兩地牌照的私家車，是不能上橋的。
現時粵港跨境貨車可以免辦手續透過港珠澳大橋（但不包括往來福田保稅區的貨車）。也就是說，有粵港兩地牌的貨車（但不包括往來福田保稅區的貨車），可以直接上橋通行。隨車人員必須攜帶出入兩地的相關證件。
港珠澳大橋的穿梭巴士，分為“港澳線”和“港珠線”，兒童、老人乘坐五折優惠。穿梭巴士只往來口岸，不進入市區。所以要想乘坐，需要先到珠港澳大橋。無需提前購買車票。
附珠港澳大橋介紹：
港珠澳大橋主橋設定珠海一個收費站，雙向共有20條收費車道。支援電子不停車收費（國標ETC、香港快易通），人工收費（MTC）兩種方式。其中，人工收費車道支援銀行卡、支付寶、微信等非現金支付方式。在大橋收費站進行現金支付時，需使用人民幣，非現金結算以人民幣計價。