1、民辦高校是按照民辦教育促進法設立的，而獨立學院是教育部行政規章設立的。獨立學院一定是本科，而民辦高校專本科都有。
2、獨立學院的舉辦方一定是普通高校，合作方是社會力量，而民辦則只有社會力量作為舉辦者，這是區分兩者的最簡單的一點。
3、民辦就是有自己的校名，自己組織機構，自己的師資，自己的校園，自己獨立頒發畢業證書。
4、獨立學院一般設在某個大學名下。比如山西大學商務學院，海南大學三亞學院等，這些學院，可能和掛名的大學同在一個校園，也可能有師資等方面的共享和交流，而民辦學院沒有這方面的優勢。兩者都是企業法人性質，有獨立的財政體系，自付盈虧，處於全部自費狀態。
5、獨立學院可以畢業時，如果成績好可以推薦使用掛名院校的畢業證。這種畢業證可能也略有差別。比如北大本校畢業生領取紅色的畢業證，而獨立學院的北大畢業證是藍色的
1、二級學院是指一所大學下面的所有學院，分為校屬二級學院以及獨立二級學院，簡稱“獨立學院”。
2、公辦大學的校屬二級學院是公辦性質，學校對其掌握有絕對的辦學權和控制權，特徵是大學自身的二級學院只負責教學管理，但不負責招生。
3、而獨立學院則是以公辦學校的名義，由公辦學校提供一定資源，社會團體或者民營經濟主辦的，具有獨立法人、獨立辦學、獨立財務、獨立校園的二級學院，擁有獨立招生權，是民辦學院，也就是俗稱的三本學校。
相同點教育部對大學和本科有明確的規定，都需要符合一定的辦學要求，教學水平和科研實力也達到本科院校的建設要求。一般大學的規模比較大，但辦學實力和教學力量不一定比學院好，就比如我國著名的國際關係學院就是特殊辦學，高考分數線非常高，教學水平和培養目標都非常高。
辦學規模大學的辦學規模更大，學生數量差距比較明顯。大學的最低人數比學院多，全日制在校生數量要大於八千人，研究生的數量不能少於總人數的百分之五。而學院的全日制在校學生數量只要大於五千人即可，而且對研究生的數量沒有要求。人數上的差異也導致大學和學院的其他資源的差別。大學人數多，因此佔地面積也比較大，教學和住宿場地都比較大，教學裝置以及圖書館資源都比較豐富。
專業學科教育部對大學和學院的專業學科也做了詳細的規定。學院需要以一個學科為主要學科，而大學則需要以三個學科為主要學科，這一點也可以解釋大學裡有一些學院，可能也達到了人數的標準，但只有一個主要學科，就不能獨立分劃為大學。
師資力量大學的學生數量比較龐大，還有一部分研究生，需要的教師資源會更加豐富，對高素質教師資源也有需求。比如大學的專任教師人數規模最少是四百人，一半老師的學歷要在研究生以上，五分之一的老師是博士學歷；而學院老師的最低數量要求是二百八十人，百分之三十的老師是研究生學歷。足以可見，一般大學的師資力量更好，不過這都是最低標準，有一些學院的優秀老師也非常多。
教學水平大學和學院的教學水平都比較高，符合高等教育的要求。不過教育部對大學的教學水平提出了更高的要求，在教學專案的質量、科研成果獎勵、科研經費等方面都有具體的要求。大學一般碩士教育有比較高的要求，最少有兩個碩士授予點，學院就沒有這一特殊規定。一般教育部對大學的教學水平要求比較高。大學和學院的差距比較多，很多學院可能滿足幾個條件，但只有一兩項沒有達到標準，也不能升為大學。這也就可以解釋有一部分學院實力比大學還要強。看完大學和學院之間的差別，相信很多家長和學生有所理解，選擇大學還是專業，要具體分析情況，比如北京協和醫學院，這所“學院”就比很多“大學”都要強，所以就不能一概而論。