兩者各有千秋，可根據喜好自我選擇：
產地：
1、祁門紅茶產於安徽祁門縣，為功夫紅茶中的珍品。
2、正山小種紅茶福建武夷山，是中國著名的歷史名茶。
色澤口感：
1、正山小種有機紅茶湯色紅亮，滋味甘醇，具有天然的桂圓味及特有的松煙香。
2、祁門紅茶茶葉湯色和葉底顏色紅豔明亮，口感鮮醇酣厚。
營養價值：
1、祁門紅茶可以提供豐富的核黃素、葉酸、胡蘿蔔素、 生育酚及葉綠醌，並且是食品中氟化物的重要源泉。
2、正山小種有機茶產於原始森林內，野生採集，傳統工藝製作，茶葉具有獨特的保健功效，長期飲用保健養身。
利尿功效 在紅茶中的咖啡鹼和芳香物質聯合作用下，增加腎臟的血流量,提高腎小球過濾率，擴張腎微血管，並抑制腎小管對水的再吸收，於是促成尿量增加。如此有利於排除體內的乳酸、尿酸(與痛風有關)、過多的鹽分(與高血壓有關)、有害物等，以及緩和心臟病或腎炎造成的水腫。
消炎殺菌功效 紅茶中的多酚類化合物具有消炎的效果，再經由實驗發現，兒茶素類能與單細胞的細菌結，使蛋白質凝固沉澱，藉此抑制和消滅病原菌。所以細菌性喇疾及食物中毒患者喝紅茶頗有益，民間也常用濃茶塗傷口、褥瘡和香港腳。
解毒功效 據實驗證明,正山小種紅茶中的茶多酚能吸附重金屬和生物鹼，並沉澱分解，這對飲水和食品受到工業汙染的現代人而言，不啻是一項福音。
提神消疲功效 經由醫學實驗發現，紅茶中的咖啡鹼藉由刺激大腦皮質來興奮神經中樞,促成提神、思考力集中，進而使思維反應更形敏銳，記憶力增強；它也對血管系統和心臟具興奮作用,強化心搏，從而加快血液迴圈以利新陳代謝，同時又促進發汗和利尿，由此雙管齊下加速排洩乳酸(使肌肉感覺疲勞的物質)及其他體內老廢物質，達到消除疲勞的效果。
生津清熱功效 夏天飲紅茶能止渴消暑，是因為茶中的多酚類、醣類、氨基酸、果膠等與口涎產生化學反應，且剌激唾液分泌，導致口腔覺得滋潤，並且產生清涼感；同時咖啡鹼控制下視丘的體溫中樞，調節體溫，它也刺激腎臟以促進熱量和汙物的排洩，維持體內的生理平衡。
抗氧化、延緩衰老功效 研究結果表明，綠茶和紅茶中的抗氧化劑可以徹底破壞癌細胞中化學物質的傳播路徑。波士頓貝斯以色列女執事醫療中心血管流行病學主任墨裡?密特爾曼醫生說：“紅茶與綠茶的功效大致相當，但是正山小種的抗氧化劑比綠茶複雜得多，尤其是對心臟更是有益”。美國雜誌報道，紅茶抗衰老效果強於大蒜頭、西蘭花和胡蘿蔔等。
養胃護胃功效 人在沒吃飯的時候飲用綠茶會感到胃部不舒服，這是因為茶葉中所含的重要物質--茶多酚具有收斂性，對胃有一定的刺激作用，在空腹的情況下刺激性更強。而紅茶就不一樣了。它是經過發酵烘製而成的，茶多酚在氧化酶的作用下發生酶促氧化反應，含量減少，對胃部的刺激性就隨之減小了。紅茶不僅不會傷胃，反而能夠養胃。經常飲用加糖、加牛奶的紅茶，能消炎、保護胃黏膜，對治療潰瘍也有一定效果。
抗癌症功效 關於茶葉具有抗癌作用的說法很流行，世界各地的研究人員也對此做過許多的探索，但是一般認為茶葉的抗癌作用主要表現在綠茶方面，但是現在有了新的進展。研究發現，紅茶同綠茶一樣，同樣有很強的抗癌功效。
舒張血管功效 美國醫學界最近也有一項研究與紅茶有關。研究發現，心臟病患者每天喝4杯紅茶，血管舒張度可以從6%增加到10%。常人在受刺激後，則舒張度會增加13%。
正山小種屬於小種紅茶，正山小種紅茶是中國生產的一種紅茶，是世界紅茶的鼻祖，又稱拉普山小種，是最古老的一種紅茶，茶葉是用松針或松柴熏製而成，有著非常濃烈的香味。
松針也稱松葉、豬鬃松葉、松毛或山松須，是松科松屬這一類植物的葉子，形狀像針，是松屬類植物的主要副產物之一。