通常認為三級結構就有生物活性。比如催化結構域、底物結合結構域等，單獨拆分之後，仍保留一定的生物活性。只有保持完整的蛋白質四級結構，這個蛋白質才能完全的發揮其應有的功能。但是隻有非常巨大的蛋白質才有四級結構的，比如阿爾法螺旋，或者貝塔摺疊等二級結構的變化，就能夠影響一小部分生物功能，有最近的研究表明酶的某個loop環的改變能夠影響蛋白質是否還有催化功能。
通常認為三級結構就有生物活性。比如催化結構域、底物結合結構域等，單獨拆分之後，仍保留一定的生物活性。只有保持完整的蛋白質四級結構，這個蛋白質才能完全的發揮其應有的功能。但是隻有非常巨大的蛋白質才有四級結構的，比如阿爾法螺旋，或者貝塔摺疊等二級結構的變化，就能夠影響一小部分生物功能，有最近的研究表明酶的某個loop環的改變能夠影響蛋白質是否還有催化功能。
鋅指結構屬於蛋白質的超二級結構。鋅指結構指的是在很多蛋白中存在的一類具有指狀結構的模體，這些具有鋅指結構的蛋白大多都是與基因表達的調控有關的功能蛋白。鋅指結構的共同特徵是透過肽鏈中氨基酸殘基的特徵基團與Zn2+的結合來穩定一種很短的，可自我摺疊成手指形狀的的多肽空間構型。鋅指蛋白最初在非洲爪蟾的卵母細胞中發現，已知廣泛分佈在動物、植物和微生物中，人類基因組中可能有將近1%的序列編碼的是含有鋅指結構的蛋白質，目前人們已經清楚地知道鋅指結構是識別特定鹼基序列的一種普遍性的轉錄因子結構，但大多數含有鋅指結構蛋白質的確切功能以及他們是否具有其他方面的功能尚不清楚。
單個亞基本身具有三級結構，不同亞基之間的相互位置及亞基數目等構成四級結構。四級結構出現在含有多條肽鏈的蛋白質中，多條肽鏈之間的相互空間構象就形成四級結構。如果某蛋白質只有一條肽鏈，那麼它就沒有四級結構。四級結構是指在亞基和亞基之間透過疏水作用等次級鍵結合成為有序排列的特定的空間結構。四級結構的蛋白質中每個球狀蛋白質稱為亞基，亞基通常由一條多肽鏈組成，有時含兩條以上的多肽鏈，單獨存在時一般沒有生物活性。血紅蛋白由4條一模一樣，功能一樣的肽連組成，其中每一條肽連可以稱為一個亞基。