酶在食品工業中最大的用途是澱粉加工，其次是乳品加工、果汁加工、 酶工程烘烤食品及啤酒發酵。與之有關的各種酶如澱粉酶、葡萄糖異構酶、乳糖酶、凝乳酶、蛋白酶等佔酶製劑市場的一半以上。 目前，幫助和促進食物消化的酶成為食品市場發展的主要方向，包括促進蛋白質消化的酶（菠蘿蛋白酶、胃蛋白酶、胰蛋白酶等），促進纖維素消化的酶（纖維素酶、聚糖酶等），促進乳糖消化的酶（乳糖酶）和促進脂肪消化的酶（脂肪酶、酯酶）等。
酶在食品工業中最大的用途是澱粉加工，其次是乳品加工、果汁加工、 酶工程烘烤食品及啤酒發酵。與之有關的各種酶如澱粉酶、葡萄糖異構酶、乳糖酶、凝乳酶、蛋白酶等佔酶製劑市場的一半以上。 目前，幫助和促進食物消化的酶成為食品市場發展的主要方向，包括促進蛋白質消化的酶（菠蘿蛋白酶、胃蛋白酶、胰蛋白酶等），促進纖維素消化的酶（纖維素酶、聚糖酶等），促進乳糖消化的酶（乳糖酶）和促進脂肪消化的酶（脂肪酶、酯酶）等。
酶作為一種生物催化劑，已廣泛地應用於輕工業的各個生產領域。近幾十年來，隨著酶工程不斷的技術性突破，在工業、農業、醫藥衛生、能源開發及環境工程等方面的應用越來越廣泛。
酶工程，又可以說是蛋白質工程學，是利用傳統突變技術或是分子生物學技術，將蛋白質上的氨基酸進行突變，以改變蛋白質之化學性質和功能。例如：在酵素的應用上，可以讓原本不耐熱的酵素，經過酵素工程改變後，成為耐熱的酵素。
1、澱粉酶：由於澱粉酶的高效性及專一性，酶退漿的退漿率高，退漿快，汙染少，產品比酸法、鹼法更柔軟，且不損傷纖維，通常透過澱粉酶催化水解織物上的澱粉漿料；
2、凝乳酶：凝乳酶的凝乳能力及蛋白水解能力使其成為乾酪生產中形成質構和特殊風味的關鍵性酶，被廣泛地應用於乳酪和酸奶的製作；
3、脂肪酶：隸屬於羧基酯水解酶類，能夠逐步的將甘油三酯水解成甘油和脂肪酸，廣泛的應用於食品、藥品、皮革、日用化工等方面；
4、溶菌酶：一種能水解致病菌中黏多糖的鹼性酶，該酶具有抗菌、消炎、抗病毒等作用；
5、葡萄糖氧化酶：食品工業中一種重要的工業用酶， 廣泛用於葡萄酒、啤酒、果汁、奶粉等食品脫氧、麵粉改良、防止食品褐變等方面。