根據《土地管理法》及其相關法律法規、規章規定：禁止佔用耕地建窯、建墳或者擅自在耕地上建房、挖砂、採石、採礦、取土等。所以在耕地上建房是違法的。《土地管理法》規定：縣級以上人民政府土地行政主管部門對違反土地管理法律、法規的行為進行監督檢查。土地違法是一種特殊的違法行為，即在沒有處理之前或自己更正之前，其違法行為是一直處於持續狀態的。《行政處罰法》規定：違法行為在二年內未被發現，不再給予行政處罰。法律另有規定的除外。前款規定的期限，從違法行為發生之日起計算；違法行為有連續或者繼續狀態的，從行為終了之日起計算。所以土地違法行為是要被追究的違法行為。根據《土地管理法》規定：農村村民未經批准或者採取欺騙手段騙取批准，非法佔用土地建住宅的，由縣級以上人民政府土地行政主管部門責令退還非法佔用的土地，限期拆除在非法佔用的土地上新建的房屋。
1、根據《土地管理法》第三十一條規定：國家保護耕地，嚴格控制耕地轉為非耕地。國家實行佔用耕地補償制度。非農業建設經批准佔用耕地的，按照“佔多少，墾多少”的原則，由佔用耕地的單位負責開墾與所佔用耕地的數量和質量相當的耕地。
2、沒有條件開墾或者開墾的耕地不符合要求的，應當按照省、自治區、直轄市的規定繳納耕地開墾費，專款用於開墾新的耕地。省、自治區、直轄市人民政府應當制定開墾耕地計劃，監督佔用耕地的單位按照計劃開墾耕地或者按照計劃組織開墾耕地，並進行驗收。
3、根據《土地管理法》第三十二條規定：縣級以上地方人民政府可以要求佔用耕地的單位將所佔用耕地耕作層的土壤用於新開墾耕地、劣質地或者其他耕地的土壤改良。
在農村耕地上建房是違法的，《土地管理法》有相關規定。因此，無論你是以什麼理由在自家耕地上建房都是違法的，都屬於違章。如果真的要蓋房子，需要取得合法的手續，農村農民建住房，需要經過：“申請、稽核、批准”這樣的程式，取得建房許可，並且建的房不能超過規定的面積，最後取得“宅基地使用證”才可以建房。這樣，建房行為就是合法的。宅基地使用證的批准許可權在縣級土地管理部門，但村裡與鄉里的稽核也是很重要的。只要能夠取得這樣的批准文書，在哪裡建房都是合法的；如果想先斬後奏，事先沒有取得任何許可的話，那麼在什麼土地上建房都是不合法的。當房子結頂後，可向國土資源所申請辦理土地證。國土資源所受理後，將對所建房屋的面積進行丈量初審，檢視有無超面積建房等問題。透過初審後，鎮鄉街道將進行稽核，並由責任單位見章跟章，辦理註冊登記、核發證書。取得土地證後，農戶可向房管部門申請辦理房產證。首先要備齊用地資料、土地證、規劃許可證等，資料經當地房管所稽核後，核發證書。