1、外形。
馬克筆筆頭和筆桿則為扁的方形，也是由筆桿、筆芯、筆尖三部分構成；水彩筆筆頭和筆桿均為圓形，由筆桿、筆芯、筆尖三部分構成。
2、價格。
馬克筆的價格要高於水彩筆的價格。24色的水彩筆價格大約為25元左右，24色的馬克筆的價格大約為45元左右。
3、種類。
馬克筆分為油性馬克筆和水性馬克筆兩種，油性馬克筆多用於一次性的快速繪圖，乾的很快，耐水、耐幹。雖然不能溶於水，但是能溶於酒精，如果筆幹掉了，在筆芯里加入點酒精又可以接著用一段時間。水性馬克筆色彩明亮，能夠溶於水，幹了往筆芯內加點水也還能接著用一段時間。
水彩筆有單色水彩筆、雙色水彩筆和多色水彩筆，單色水彩筆只有顏色的區別，有12色、24色、36色等色號。雙色水彩筆書寫起來有2種顏色。多色水彩筆是由多種顏色的筆芯合在一起做成一個筆頭，常用於美工作畫。
1、特點。馬克筆筆頭分為扁頭和圓頭雙頭，使用時以扁頭為主，圓頭為輔助修飾，馬克筆的色彩豐富，在飽和度上相比較水彩筆較低，而透明度則較強，水分均勻易於多層上色；水彩筆的筆頭主要為圓頭，顏色飽和度高，色彩相比較馬克筆較少，透明度較低，水分分佈不均勻，不適合反覆疊色和細節的刻畫。
2、顏色。馬克筆的應用面較為廣，色彩種類較多，並且所使用的不同領域分為多個系列進行使用，如環境設計多使用綠色、藍色和原木色等，而服裝設計則大多使用淺色和飽和度較低的顏色來進行使用。水彩筆大多飽和度高，色彩鮮豔對比強烈，一般分為12、24、36、48色，主要因使用領域大多為兒童和標記使用，只需色彩對比強烈的顏色，48色則足以。
3、用紙。馬克筆用紙要求紙張的厚度以及光滑度，需要選擇專門的馬克筆用紙或者銅版紙，其他紙張雖然也可以使用，但是易於滲透。水彩筆和馬克筆雖也易滲透，但是水分不均勻，一般只要使用較硬的水粉紙、白板紙、水彩紙即可。
4、應用面。馬克筆屬於專業性的繪畫工具，應用面十分廣泛，如各類藝術專業的繪畫、廣告標語、設計物品、海報以及插畫等。水彩筆飽和度較高對比強烈，而多應用於兒童繪畫和標記。
1、水彩筆的筆頭一般是圓的，而馬克筆的筆頭一般是扁的，也有圓頭和尖頭。
2、馬克筆有水性和油性2種，水彩筆只有1種水性的。油性馬克筆多用於一次性的快速繪圖，水性馬克筆色彩明亮，能夠溶於水。
3、水彩筆一般是12色、24色、36色整盒賣，而馬克筆是單獨賣的。
4、馬克筆能疊色，而水彩筆不能疊色，馬克筆比水彩筆更容易上色。
5、水彩筆水分足，色彩豐富，但水分不均勻，不能混色，一般適合畫兒童畫；馬克筆水分均勻，色彩對比較弱，可以用來畫建築效果圖、設計效果圖以及POP廣告等，更加適合專業人士。
6、馬克筆的價格比水彩筆高。