VB法中認為電子隸屬於原子，存在於特定的原子軌道上，原子軌道與原子軌道形成價鍵，原子間只有價鍵電子存在共用或偏移。MO法認為電子隸屬於整個分子，為原子所共有，存在於由原子軌道線性組合的分子軌道上。一般來說，VB法理論較為成熟，易於理解，更加形象，但有很多不足：而MO法雖然涉及的計算較為複雜，但能很好的解釋一些例如分子磁性、電環化反應等問題。
VB法中認為電子隸屬於原子，存在於特定的原子軌道上，原子軌道與原子軌道形成價鍵，原子間只有價鍵電子存在共用或偏移。MO法認為電子隸屬於整個分子，為原子所共有，存在於由原子軌道線性組合的分子軌道上。一般來說，VB法理論較為成熟，易於理解，更加形象，但有很多不足：而MO法雖然涉及的計算較為複雜，但能很好的解釋一些例如分子磁性、電環化反應等問題。
分子軌道理論，也稱MO理論，是一種化學鍵理論，是處理雙原子分子及多原子分子結構的一種有效的近似方法，是化學鍵理論的重要內容。
分子軌道理論的要點：
1、原子在形成分子時，所有電子都有貢獻，分子中的電子不再從屬於某個原子，而是在整個分子空間範圍內運動；
2、分子軌道可以由分子中原子軌道波函式的線性組合而得到；
3、原子軌道線性組合的原則即對稱性匹配原則，能量近似原則和軌道最大重疊原則；
4、電子在分子軌道中的排布遵守原子軌道電子排布的同樣原則，即Pauli不相容原理，能量最低原理和Hund規則；
5、在分子軌道理論中，用鍵級表示鍵的牢固程度。鍵級的定義是，鍵級等於成鍵軌道上的電子數減去 反鍵軌道上的電子數的差的一半，鍵級也可以是分數。一般鍵級愈高，鍵愈穩定，鍵級為零，則表明原子不可能結合成分子，鍵級越小，鍵長越大。
分子軌道理論又稱分子軌道法。1932年由美國化學家密立根及德國物理學家洪特提出。是現代共價鍵理論之一。
它的要點是：從分子的整體性來討論分子的結構，認為原子形成分子後，電子不再屬於個別的原子軌道，而是屬於整個分子的分子軌道，分子軌道是多中心的。分子軌道由原子軌道組合而成，形成分子軌道時遵從能量近似原則、對稱性一致原則和最大重疊原則，即通常說的“成鍵三原則”。在分子中電子填充分子軌道的原則也服從能量最低原理、泡利不相容原理和洪特規則。