公司對勞動者進行處罰包括進行罰款，應當有合法根據，即必須是根據依法制定並公示的具有法律效力的公司企業的規章制度或者勞動紀律規範，包括實體上規章制度的內容要符合法律，程式上，公司的規章制度必須是依法制定並經過相關的公示方式或者合同約定的方式為勞動者所瞭解的。
【法律依據】
《中華人民共和國勞動法》第四條規定：“用人單位應當依法建立和完善規章制度，保障勞動者享有勞動權利和履行勞動義務”。
公司對勞動者進行處罰包括進行罰款，應當有合法根據，即必須是根據依法制定並公示的具有法律效力的公司企業的規章制度或者勞動紀律規範，包括實體上規章制度的內容要符合法律，程式上，公司的規章制度必須是依法制定並經過相關的公示方式或者合同約定的方式為勞動者所瞭解的。
【法律依據】
《中華人民共和國勞動法》第四條規定：“用人單位應當依法建立和完善規章制度，保障勞動者享有勞動權利和履行勞動義務”。
公司能對員工進行罰款。公司可以依法制定其規章制度，並向有關部門備案。如果員工違反公司的規章制度的，可以對其罰款，但罰款的數額應合法合理。另外如果員工嚴重違反公司的規章制度的，公司可以辭退員工。
法律依據：
《中華人民共和國勞動合同法》第三十九條
勞動者有下列情形之一的，用人單位可以解除勞動合同：
（一）在試用期間被證明不符合錄用條件的；
（二）嚴重違反用人單位的規章制度的；
（三）嚴重失職，營私舞弊，給用人單位造成重大損害的；
（四）勞動者同時與其他用人單位建立勞動關係，對完成本單位的工作任務造成嚴重影響，或者經用人單位提出，拒不改正的；
（五）因本法第二十六條第一款第一項規定的情形致使勞動合同無效的；
（六）被依法追究刑事責任的。
公司是可以扣員工的工資的，前提是員工違反了一定的規章制度。但是如果公司剋扣員工工資，屬於違法行為，員工可以申請勞動仲裁。如果公司把員工的工資全扣了，是違反了一定的法律法規的，根據我國法律的相關規定，每月扣減的工資不可以超過員工的工資的百分之二十，否則，需要承擔一定的法律後果。
法律依據：根據《勞動法》第四十八條規定，國家實行最低工資保障制度。最低工資的具體標準由省、自治區、直轄市人民政府規定，報國務院備案。用人單位支付勞動者的工資不得低於當地最低工資標準。