第一，政治上不得人心，當時天下初定，人心思安，而當時吳三桂打著反清復明的旗號發動叛亂，正是吳三桂將前明勢力趕盡殺絕的，百姓們都看在眼裡，這時卻又反清復明，但是稱帝時放棄了明朝的年號，這不得不令人們感到費解並懷疑其動機，第二，軍事上過於保守，當時吳三桂軍佔領松滋後，並沒有對清軍乘勝追擊，而是與清軍相持，錯過極佳的戰機，後來，吳三桂低估了康熙鎮壓叛亂的決心，企圖裂土議和遭拒，這說明吳三桂的目標不明確，首鼠兩端，缺乏戰略眼光，第三，實力懸殊。畢竟吳三桂是以一隅敵全國，財力和物力不能和擁有天下的康熙相抗衡，一旦戰爭曠日持久的拖下去，後勤補給和人員補充都是問題，拖也會把吳三桂拖垮，第四，內部原因，雖然叛亂初期四處響應，鬧得轟轟烈烈，實質上叛軍內部各個心懷鬼胎。比如陝西提督王輔臣，原為吳三桂部下，叛亂初期他按兵不動，首鼠兩端，最後落到個畏罪自盡的下場，形勢對叛軍不利後，靖南王和平南王紛紛投降，而且眾叛軍之間缺乏統一排程，所有康熙採取分化政策，對叛軍各個擊破，最後孤立吳三桂，綜上所述，由於政治上的不得人心，軍事上的目光短淺，再加上內部之間各懷鬼胎，各自為戰，因此三藩之亂的失敗是必然的事。
失敗的理由：
1、軍事上，戰略失誤，取岳陽後猶豫不決，想要劃江而治，既沒有做好北上準備，也沒有準備好長期作戰的物質準備，沒有鞏固好後方基礎。拿下岳陽雖然對清政府威脅巨大，但沒有繼續拿下江南糧倉錢庫，並沒有給清政府以實質性的重創。戰爭前期打得不錯，即使到後期也不算壞，只能說康熙無能，最後把吳三桂拖死了，才終於平定三藩。
2、政治上，不得人心，思想政治工作有問題，宣傳攻勢做的不好。旗幟是反清復明，但大萌就是吳三桂自己滅的，後來還稱王了，政治目標不能把一大批不滿清朝統治的人聚集起來。
3、實力對比懸殊。另兩藩後期被分化瓦解，事實上最終就剩吳三桂孤軍奮戰。
4、吳三桂目標不明確。起兵之初號稱復明，起兵後廢明年號，自立為周王；兵力鼎盛時期幻想和清政府裂土求和，苟延殘喘之際倉皇稱帝。吳三桂自始至終都沒有明確的目標。
1644年吳三桂引清兵入關。
吳三桂，出生於1612年，逝世於1678年。1644年，吳三桂引清軍入關，這時他32歲。清廷於1673年下令撤藩，吳三桂發動叛亂妄圖推翻大清，這時吳三桂聞訊後叛清，自稱周王、總統天下水陸大元帥、興明討虜大將軍，釋出檄文，聯合平南王世子尚之信、靖南王耿精忠及廣西將軍孫延齡、陝西提督王輔臣等以反清復明為號召起兵反清，揮軍入桂、川、湘、閩、粵諸省，戰亂波及贛、陝、甘等省，史稱三藩之亂。清政府調重兵全力鎮壓叛亂，逐漸扭轉了戰局。康熙十七年，即1678年，吳三桂在湖南衡州稱帝，國號大周，建元昭武。其本人也開始蓄髮，改穿明朝衣冠。同年秋在長沙病死 ，其孫吳世璠繼位 ，退據云南 。