1集，雲霄飛車殺人事件。
54集，遊戲公司殺人事件。
118集，浪花連續殺人事件。
128集，黑衣組織10億元搶劫事件。
129集，來自黑衣組織的女子。
176至178集，與黑衣組織的再會。
230至231集，謎一樣的乘客。
253至254集，本廳刑事戀愛物語。
289至290集，迷途森林中的光彥。
307至308集，遺留下的無聲的證詞。
309至311集，與黑衣組織的接觸。
338至339集，四輛保時捷。
340至341集，洗手間裡隱藏的秘密。
345集，與黑衣組織直面對決。
425集，黑暗衝擊。
462至465集，黑衣組織的影子。
491至504集，紅與黑的碰撞。
黒衣組織出現在以下集數中：
1集，雲霄飛車殺人事件；13集，奇怪的尋親殺人事件；54集，電玩公司殺人事件；118集，浪花連續殺人事件；128集，黑暗組織10億元搶劫事件；129集，來自黑暗組織的女子大學教授殺人事件；176、177、178集，與黑暗組織的再會；230、231集，迷一樣的乘客；272集，急忙掩飾的忽略後篇；286、287、288集，工藤新一紐約事件；289、290集，光彥森林迷失記，邵淵己一郎出場；307、308集，沒有聲音的證詞前篇；309、310、311集，與黑暗組織接觸；338、339集，四輛保時捷；340、341集，廁所隱藏的秘密前篇；345集，與黑衣組織直面對決滿月之夜的雙重迷案；385集，斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音前奏曲；387集，斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音尾奏曲；394集，奇妙房屋的大冒險封印篇。
名偵探柯南與黑衣組織有關的集數（不完全統計）有以下：001《雲霄飛車殺人案件》、002《董事長千金誘拐事件》、005《 新幹線大爆破事件》、013《奇怪的尋親殺人事件》、043《江戶川柯南誘拐事件》、048——049《外交官殺人事件》、128《黑暗組織10億搶劫事件》、129《來自黑暗組織的女子大學。