1、檸檬水是比較酸的，喝多了對胃是不好的，胃裡面本身也很酸，而每天吃很酸的東西，胃容易得胃炎，胃糜爛，會反酸燒心，易傷胃粘膜。
2、檸檬中本身含有一些光敏物質，口服容易被人體所吸收，人體皮膚受到陽光照射，這些光敏物質和陽光相互作用下，非但起不了美白作用，反而容易使皮膚變得更黑，甚至導致皮膚變得敏感。
3、檸檬水的酸性非常大，喝多的話特別容易腐蝕牙釉質，而且還會讓牙齒變成全口蛀牙。再好的食物，攝入時也不能肆無忌憚。檸檬也不例外，每天大量喝檸檬水而傷了胃。因此，喝檸檬水也要適量，每天不宜超過1000毫升。此外，由於檸檬pH值低達2.5，因此胃酸過多者和胃潰瘍者不宜飲用檸檬水。
4、牙科醫師表示，民眾如果想喝檸檬水減肥，切記多刷牙，免得檸檬汁酸性物質殘留在牙齒，到時候變成全口蛀牙，可得不償失。
5、空腹喝檸檬水危害更嚴重，檸檬水尤其不能空腹的時候喝，檸檬中含有過多的酸性物質，腸胃不好人如果經常空腹喝檸檬水，容易出現反胃噁心的現象，影響消化功能，更容易得胃潰瘍或十二指腸潰瘍。
檸檬水喝得過多會腐蝕牙齒，這是檸檬水的一個副作用。如果空腹喝檸檬水還會造成胃酸過多，或者是胃部有毛病的人如果喝多了檸檬水非常容易造成反酸。
注意事項在大超市的水果區，我們經常可以看到色澤橙黃、氣味芬芳的檸檬。檸檬本身是一種營養和藥用價值都極高的水果。檸檬中含有豐富的檸檬酸，被譽為檸檬酸倉庫。檸檬中最主要的營養成分除了糖類以外，還有鈣、磷、鐵及維生素B1、維生素B2、維生素C和煙酸等。
美國泌尿學會年會上公佈的研究成果也表明，常喝含檸檬汁的飲料可提高尿中的檸檬酸酯水平，該化學物質能預防尿中的礦物質在腎內形成結晶體即腎結石。
檸檬含有豐富的維生素C，具有抗菌、提高免疫力、協助骨膠原生成等多種功效，經常喝檸檬水，可以補充維生素C。感冒時一天喝上500至1000毫升的檸檬水，可以減輕流鼻涕，感冒散得也快，尤其是剛感冒時，可以不藥而癒。除了抗菌及提升免疫力，還有開胃消食、生津止渴及解暑的功效。更鮮為人知的是，檸檬也能祛痰，且祛痰功效比橙和柑橘還要強。將檸檬汁加溫開水和鹽，飲之可將喉嚨裡積聚的濃痰順利咳出。感冒初起時，不妨用檸檬加蜜糖沖水飲，可以緩解咽喉痛、減少喉嚨乾等不適。
將檸檬切成薄薄的片泡在水中，浸泡時最好選用60～70℃的溫開水，泡1～2片切成薄片的檸檬。檸檬泡水儘量帶皮，切片可以薄一些，有利於活性成分進入到飲用水中，切薄點檸檬皮中的香氣也會更明顯，皮的部分含有效成分類黃酮的含量更高。當然也可以在喝紅茶、飲料時放入檸檬片。
值得注意的是：再好的食物，攝入時也不能肆無忌憚。檸檬也不例外，有很多女性為了美容，每天大量喝檸檬水而傷了胃。因此，喝檸檬水也要適量，每天不宜超過1000毫升。此外，由於檸檬pH值低達2.5，因此胃酸過多者和胃潰瘍者不宜飲用檸檬水。
檸檬和酸奶會起化學反應，阻止營養的吸收，建議不要一起喝，過一個小時候再喝。
檸檬水富含維生素C和有機酸，還能補充水分，對滋潤容顏有很大的好處，但檸檬酸性極強，酸鹼值達2、8以下，空腹食用極易傷胃，使營養吸收能力下降，所以喝完檸檬水喝酸奶不益於吸收酸奶的營養。