1、茶葉原料。正山小種分品級，同一種茶樹，茶葉越老檔次越低。金駿眉為第一檔，摘採於最鮮嫩的嫩葉芽頭。茶葉越嫩所含的氨基酸越高，甜度也比正山小種高。第二檔的正山小種摘採與其他紅茶無區別。金駿眉摘採於嫩芽，製成的幹茶外形細緊，稍呈捲曲形，像少女的眉毛。好的正山小種條形較大一些，而差一點的正山小種不怎麼成型，偶爾能看到茶葉片，顏色為紅褐色。
2、工藝製作。兩種紅茶雖然是同一品種的茶樹所產，但不光茶葉原料不同，工藝製作上也不相同。正山小種是比較傳統的製作工藝，而金駿眉則是在傳統工藝上做改變創新。
3、成品味道。金駿眉味道上要比正山小種清淡一些，茶湯聞起來有蜜糖香，夾雜著花香、果香以及薯香等香氣，口感順滑香甜。正山小種喝起來有桂圓乾棗的甜蜜香，幹茶聞起來有松煙味。隨著存放的時間越來越長，其味道會更加濃郁，並帶著淡淡的果香味。
1、選料不同：正山小種紅茶與金駿眉紅茶雖然都是採自同一種茶樹上面，在鮮葉的選擇上面，正山小種採用茶樹嫩芽的一芽一葉或者一芽兩葉作為茶葉鮮葉的，而金駿眉必須選自茶樹剛開芽的嫩葉，摘取芽頭最鮮嫩的部位，5斤左右的茶芽(即50000粒左右茶芽)才能製成1斤左右的成品。
2、茶葉的製作工藝：追根溯源從正山小種和金駿眉茶葉的採摘，製作工藝說起。正山小種與金駿眉的製作工藝大體相同，經過研發人員的微創新，才有了現在的金駿眉，主要是在發酵以及熏製的過程中有所不同。金駿眉的製作工藝更加精進，正山小種則是採用傳統的經典制作工藝。金駿眉基本上沿襲了正山小種傳統的製造工藝。
3、外形的差別：正山小種的外形緊結勻整，略顯鐵青色，手感比較油潤，湯色是明橙色，比金駿眉的湯色要濃。而金駿眉的外形細長，會帶些金色的豪尖，有濃郁的果香和花香，泡出來的湯色是淡金黃色的。在萎調時，鮮葉原料由鮮綠色變為暗綠色，就視為萎調適度。而發酵過程要恰到好處，若發酵不足，則容易產生苦澀感，發酵時間過長，則與普通正山小種紅茶無異，不會產生金駿眉所特有的品質。金駿眉只在萎調時有小部分的煙燻過程，而傳統的正山小種則要在萎調和烘焙的過程中經過鬆柴煙燻。
正山小種和金駿眉在鮮葉的採摘方面有所不同，正山小種採摘的是茶樹嫩芽的1芽1葉或者1芽2葉作為茶葉的選料。而金駿眉必須採摘茶樹剛開芽的嫩葉，摘取芽頭最鮮嫩的葉子為選料。
金駿眉茶，屬於紅茶中正山小種的分支，原產於福建省武夷山市桐木村。由正山小種紅茶第二十四代傳承人江元勳帶領團隊在傳統工藝的基礎上透過創新融合於2005年研製出的新品種紅茶。