乳酸菌和益生菌在功能作用方面還是有一定區別的，乳酸菌並不能代替益生菌，但是生活中人們經常將這兩種物質弄混淆。乳酸菌是一種發酵菌，主要是利用碳水化合物進行發酵，然後得到乳酸菌，乳酸菌種類大多數對人身體有一但是特別的也會對身體造成傷害，比如利斯特氏，而益生菌在人體腸道內或生殖系統內自主調節腸胃平衡的菌種。
乳酸菌和益生菌在功能作用方面還是有一定區別的，乳酸菌並不能代替益生菌，但是生活中人們經常將這兩種物質弄混淆。乳酸菌是一種發酵菌，主要是利用碳水化合物進行發酵，然後得到乳酸菌，乳酸菌種類大多數對人身體有一但是特別的也會對身體造成傷害，比如利斯特氏，而益生菌在人體腸道內或生殖系統內自主調節腸胃平衡的菌種。
益生元和益生菌的區別如下。
1、成分上的不同
益生菌是有生物活性的細菌，益生元主要是無生物活性的糖類物質。
益生菌即有益菌，簡單來講，益生菌是指對人和動物有益的細菌，以雙歧桿菌為代表。益生菌透過調理腸道菌群，維持腸道菌群的平衡，從而促進營養物質的吸收、提高免疫力、預防和治療便秘及腹瀉、降低血脂、抑制腸道病源和腐敗微生物的生長，分解致癌物質等。人和動物體內有益的細菌或真菌主要有：雙歧桿菌、乳酸菌、酪酸梭菌、嗜酸乳桿菌、酵母菌等。
益生元主要是不能被宿主消化吸收的低聚糖類。通俗來講，益生元是不能直接被宿主（人體）消化吸收，而是維持益生菌的“養料”， 促進益生菌的生長繁殖，或者說是益生菌的專享食物。益生元能夠被腸道內有益細菌分解吸收，促進有益細菌的生長繁殖。例如，低聚果糖和低聚半乳糖，就是能夠促進腸道內雙歧桿菌等腸道益生菌生長的優質益生元。
2、作用方式不同
益生元是促進腸道有益菌的生長從而發揮間接作用，益生菌是直接作用。
益生元主要是低聚糖，是以未經消化的形式進入胃腸道，透過降低PH值，促進雙歧桿菌等益生菌的生長，間接地促進胃腸道健康和營養素的吸收。
益生菌是外源細菌，作用更直接。但是，它有較明顯的針對性，即針對不同的病因及體質，新增不同的菌種，如雙歧桿菌對胃腸道疾病有顯著功效等。
3、受胃酸環境的影響不同
在胃部強酸性的環境下，益生菌作為新增的外來細菌，其活性在一定程度上會受到胃酸的破壞，只有活著進入胃腸道的有益菌才能發揮功效；而益生元只是一種糖類，而不是生物，不存在存活率的問題。
4、免疫系統識別不同
免疫系統對於由外部而來的益生菌有識別的過程，當外部新增益生菌時，不同體質可能會產生不同的反應，而對於益生元來說則沒有這方面的問題。如果要長期調養腸胃的話，建議選擇不會產生免疫反應的益生元。
5、生產和儲存工藝不同
益生菌菌株存活環境要求高，對生產和包裝工藝都有很高標準要求，益生菌的載體最好是片劑、膠囊和粉末。益生菌產品必須低溫冷藏儲存，這樣才能最大限度地保持其中活性益生菌的數量。如乳酸製品中的益生菌，一般保質期在1個月內，冷藏溫度控制在2~10℃左右。而益生元的生產和儲存的工藝則沒有這方面的嚴格要求。
1、益生菌的確分佈在人體內部的各個地方。益生菌不同於正常致病細菌或念珠菌，益生菌與我們身體的生物體有一種共生關係。我們的身體和益生菌微生物，形成了共同防禦條約。雖然我們非常害怕細菌和真菌，但益生菌菌株是非常具體的有利於我們的健康。
2、預防或改善腹瀉：飲食習慣不良或服用抗生素均會打破腸道菌群平衡，從而導致腹瀉。補充益生菌有助於平衡腸道菌群及恢復正常的腸道pH值，緩解腹瀉症狀。
3、緩解不耐乳糖症狀：乳桿菌可幫助人體分解乳糖，緩解腹瀉、脹氣等不適症狀，可與牛奶同食。
4、預防生殖系統感染：酸牛奶、瑞卡福抑菌噴劑中的嗜酸乳桿菌可抑制陰道內白色念珠菌的繁殖。歐洲所做的雙盲對照試驗證實了這一點。患者每天給體內補充10ml活性益生菌，結果顯示生殖系統感染病發率大大降低，長期給體內補充活性益生菌能夠幫助修復生殖系統微迴圈。
5、增強人體免疫力：在腸道記憶體在著非常發達的免疫系統。益生菌可以透過刺激腸道內的免疫機能，將過低或過高的免疫活性調節至正常狀態。益生菌這種免疫調節的作用也被認為有助於抗癌與抑制過敏性疾病。
6、促進腸道消化系統健康：益生菌可以抑制有害菌在腸內的繁殖，減少毒素，促進腸道蠕動，從而提高腸道機能，改善排便狀況。
7、統感染病發率大大降低，長期給體內補充活性益生菌能夠幫助修復生殖系統微迴圈。