紅曲米粉是中國傳統的藥、食兩用品，在中國已有上千年使用歷史，由早稻米經發酵加工而成，多呈紅色或暗紅色，主要用於食品著色。紅曲紅色素和紅曲粉是國際上唯一利用微生物大規模生產的食用天然色素，現代工業化生產的系列規格的紅曲米採用優質早稻米，透過獨具特色的發酵工藝，控制發酵生產的各項引數，調控代謝產物中不同色調的色素比例，得到的紅曲米粉紅色純正。
而紅曲米，是中藥名，民間稱之為紅米，以秈稻、粳稻、糯米等稻米為原料，用紅曲黴菌發酵而成，為棕紅色或紫紅色米粒。其性味，甘，溫，具有健脾消食、活血化淤的功效，主治用於產後惡露不淨，瘀滯腹痛，食積飽脹，赤白下痢，跌打損傷。為不規則形的顆粒，狀如碎米，外表棕紅色，質脆，斷面粉紅色，微有酸氣，味淡，以紅透質酥，陳久為佳。
不一樣的，紅曲米粉和紅曲粉是兩種不同的物質，紅曲米粉是漢族傳統的藥食同源食品，已經有上千年的使用歷史，是早稻米發酵加工而成，顏色暗紅。紅曲粉一般指紅曲黴，是一種真菌，不是食物，紅曲粉可以用於釀酒、制醋、做豆腐乳的著色劑和調味劑。
紅曲米粉和紅曲粉是兩種完全不同的物品，紅曲米粉可以透過紅曲粉製作，但作為區別對比，兩者沒有很強的對比性。紅曲米粉是湖南地區常用來製作祁陽曲米魚，是一種美食原材。而紅曲粉可以理解為一種天然色素，現代工業化生產中紅曲粉和優質的稻米一起發酵製成紅曲米粉。
紅曲粉是一種真菌，一般指紅曲黴。紅曲黴存在於樹木、土壤和堆積物等。紅曲黴不是隻做紅曲米粉的原料，所以它和紅曲米粉完全不同，紅曲粉能夠在15~45℃下生長，最適合的溫度為32℃~35℃，有很好的耐酸性和耐乙醇能力。
總之紅曲米粉是生活中食用比較多的產品，而紅曲粉在工業上使用。目前紅曲粉是國際上唯一利用微生物大規模生產的食用天然色素。
紅曲酒是中國傳統名酒。屬於宋代制曲釀酒的一個重大發明，有消食活血，健脾燥胃。治亦白痢，下水殼的功效。紅曲酒有 降低血膽固醇、降血糖、降血壓、防癌的功效。紅曲菌的醫療保健功效我國古代明確記載著紅曲菌醫療功效的藥書，可以追溯至元朝吳瑞所著的《日用本草》所敘之“紅曲釀酒，破血行藥勢”。藥在同時代的飲膳太醫忽思慧在《飲膳正要》中則說，紅曲“健脾、益氣、溫中”。其後的藥書如《本草衍義補遺》、《本草備藥》及《醫林纂要》等均有紅曲藥效之記載。《本草綱目》也記載“紅曲主治消食活血，健脾燥胃。治亦白痢，下水殼。釀酒破血行藥勢，殺山嵐瘴氣，治打撲傷損，治女人血氣痛及產後惡血不盡”。臺灣民間還流傳，紅曲用來治小孩和老人夜尿及輕微氣喘的功效極為良好。