1、過度澆水
芹菜腐爛的根，可能在養護中提供過多的水分，造成水分積累的現象，所以在後期的養護中，要嚴格控制芹菜的水分，最好是在土壤乾燥時澆水，將所有的土壤浸泡，暫時在土壤中澆水，並將植物置於通風良好的環境中。
2、肥料過多
芹菜腐根，在儲存過程中也可能是過多的肥料，此時需要向土壤中注入大量水分，稀釋土壤中的肥料含量，然後鬆開土壤，從土壤中排出水分。在養護後期，只需在芹菜旺盛生長期間施肥，施肥時要稀釋肥料並提供給植物。
3、土壤板結
芹菜土壤結塊現象，會導致植物根系的損壞和腐爛，此時需要更換土壤進行再植，芹菜適宜生長在土壤中富含有機質的土壤中，最好是利用豐富的微量元素，良好地排水砂壤土或腐殖質土。
4、病害影響
芹菜在生長過程中也會出現根腐病現象，此時需要將嚴重病害植物從土壤中去除，然後在種植的土壤上撒石灰殺菌，對於病害較輕的植物，要切斷其腐爛部位，並在傷口上噴灑多菌靈溶液，等待傷口癒合，再進行再種植。
芹菜爛根需要在定植前做土壤消毒，定植前每畝用硼砂2～3公斤做底肥。
芹菜爛根主要是由於缺硼引起的葉柄基部縱裂，然後軟腐。初在葉柄處呈水浸狀病斑，病斑擴大軟腐後散發惡臭味。病株外葉萎蔫，葉色發黃。
防治措施：定植前做土壤消毒，定植前每畝用硼砂2～3公斤做底肥。生長期間要噴施0.2%的硼砂溶液，發病後可以用50%的dt或可殺得加農用鏈黴素連噴2～3次。
1、青枯病
此病多發生在開花結果期，而且發病急、蔓延快，往往植株成片青枯死亡。發病初期首先是頂端葉片萎蔫下垂，然後是下部葉片凋萎，最後才在中部葉片發病。也有的病株在一側萎蔫或整株葉片同時萎蔫。發病初期白天萎蔫，傍晚恢復，一般7～8d死亡。病葉淺綠，病莖表面粗糙，莖中下部增生不定根或不定芽。維管束變褐，手壓莖橫切面，可見白色菌液流出。
2、枯萎病
一般自結果初期開始發病，發病初期只在病莖一側自下而上出現凹陷，致一側葉片發黃，有時也半邊葉片或半邊花序發黃。開始中下部葉片在中午前後萎蔫，而早晚尚可恢復，以後隨著病情的加重，葉片自下而上變黃，根部軟腐，一般經過15～30d枯死。近地面莖基部呈水漬狀，高溼時會產生粉紅色或藍綠色黴狀物。縱剖病株基部，可見維管束變褐。擠壓莖稈橫斷面，無乳白色粘液流出，別於青枯病。
3、疫黴根腐病
一般結果以前發病，發病初期莖基部或根部產生褐色病斑，逐漸擴大後凹陷，嚴重時病斑繞莖或繞根1周，莖葉萎蔫，進而全株萎蔫。拔出病株可見粗根變褐，細根腐爛。剖開病根莖，可見一段維管束髮生變褐，不長新根，植株逐漸枯萎死亡。此病主要是定植後地溫低，土壤溼度大，且持續時間長，或遇連陰天放風不及時，形成高溫高溼條件造成的，尤其是大水漫灌後加重該病的發生和蔓延。
4、莖基腐病
定植前後至結果期均可發病，發病初期莖基部皮層生有暗褐色斑點，逐漸擴充套件成病斑，葉片變黃，晴天中午前後出現萎蔫現象，當病斑繞莖基部1周，表皮層腐爛，病株即可死亡。後期葉片為黃褐色枯死，病葉殘留在枝上一般不脫落。拔出病株，根系並不腐爛，剖開病莖基部，可見木質部變為暗褐色。後期病部常形成黑褐色大小不一的菌核，別於早疫病。
5、土壤溼度大
由於冬季大棚內溫度低，溼度相對較大，植株葉片的蒸騰量小，大量澆水造成地溫過低，土壤通氣性不良，引起漚根的現象。
6、夜溫低
根系生長的適宜溫度為20～30℃，低於13℃生理機能下降。長期13℃植株生長不良，6～8℃停止生長。大棚內夜間氣溫應保持在15℃以上才能保證地溫在20℃以上。
7、晝夜溫差大
番茄結果期的適宜溫度，白天為25～28℃，夜間為16～20℃。當長時間夜間溫度低於15℃，且日溫高於30℃時，地下部根系受損，地上部蒸騰過大，從而引起植株萎蔫。