蔡元培回國後，於1916年12月26日受命擔任北京大學校長。革新北大開“學術”與“自由”之風，支援新文化運動，提倡學術研究，主張“思想自由，相容幷包”，實行教授治校。“五四”運動中支援學生愛國行動，多方營救被捕學生。1917年1月9日，蔡元培發表就任北京大學校長的演說，對學生提出三點要求：一曰抱定宗旨，二曰砥礪德行，三曰敬愛師長，將“抱定宗旨”置於首位。
蔡元培回國後，於1916年12月26日受命擔任北京大學校長。革新北大開“學術”與“自由”之風，支援新文化運動，提倡學術研究，主張“思想自由，相容幷包”，實行教授治校。“五四”運動中支援學生愛國行動，多方營救被捕學生。1917年1月9日，蔡元培發表就任北京大學校長的演說，對學生提出三點要求：一曰抱定宗旨，二曰砥礪德行，三曰敬愛師長，將“抱定宗旨”置於首位。
蔡元培：字鶴卿，又字仲申、民友、孑民，乳名阿培，曾化名蔡振、周子餘。漢族，浙江紹興山陰縣人，原籍浙江諸暨。出生於1868年1月11日，逝世於1940年3月5日。是民國初期革命家、教育家、政治家、民主進步人士。曾擔任國民黨中央執委、國民政府委員兼監察院院長，中華民國首任教育總長。1916年至1927年任北京大學校長，革新北大，開創“學術”與“自由”之風；1920年至1930年，蔡元培同時兼任中法大學校長。蔡元培早年參加反清朝帝制鬥爭，於民國初年制定的《大學令》為中國近代高等教育的第一個法令。
蔡元培與李石曾又在設立北平大學區問題上形成意見對立。李石曾認為首都既在南京，北平應為教育與學術重心，故力主在北平設大學區，統轄京津冀等地教育。而蔡元培鑑於浙江、江蘇兩大學區的試行情況和不利局面，考慮在範圍更大的北平地區再設立大學區，恐反對者更多困難更大，故不表贊成。在8月16日大學委員會會議上，蔡以大學院院長的身份主持會議，提出此案而不讚一詞，但請公決，反對者僅朱家驊一人。國民政府旋即任命李石曾為北平大學區校長。蔡元培極度失望之餘，翌日即向國民黨中央和國民政府提出辭去本兼各職。並攜眷離寧赴滬。從此蔡元培專任中央研究院院長，繼續倚重英美派留學生作為研究院的主要力量。