處理勞動爭議的機構有三種：企業勞動爭議調解委員會、勞動仲裁委員會和人民法院。
【法律依據】
《勞動法》第79條，勞動爭議發生後，當事人可以向本單位勞動爭議調解委員會申請調解；調解不成，當事人一方要求仲裁的，可以向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁。當事人一方也可以直接向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁。對仲裁裁決不服的，可以向人民法院提起訴訟。
《勞動爭議調解仲裁法》第5條，發生勞動爭議，當事人不願協商、協商不成或者達成和解協議後不履行的，可以向調解組織申請調解；不願調解、調解不成或者達成調解協議後不履行的，可以向勞動爭議仲裁委員會申請仲裁；對仲裁裁決不服的，除本法另有規定的外，可以向人民法院提起訴訟。
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企業不繳納社會保險產生糾紛的原因有
1。試用期內未籤合同
企業因經營需要而大量招用員工，由於員工的流動量大，為了減輕麻煩和節約成本，很多企業會設立試用期，等員工試用期滿合格後再與其籤合同補保險。實際上，企業這樣做將面臨巨大的風險。因為企業超過一個月未與員工籤合同，不但面臨賠付雙倍工資的風險，而且在員工提出解除勞動關係時，企業還要面臨補繳社會保險及支付賠償金的風險。
另外，如果員工在未參保期間發生工傷事故等情況，企業還將承擔相應的責任風險。
2。未提交相應資料
員工人職時，企業應當通知員工提供相關資料。如果員工由於各種原因無法立即提交相應資料，延遲了企業為員工辦理社會保險的時間，使企業未能及時辦理社會保險，在這種情況下企業極有可能會與員工產生糾紛，如員工要求企業補繳自上班之日起至今的各項社會保險。
另外，企業未參保用工很容易形成違規風險。想要避免風險，企業必須要嚴把員工人職關，將入職材料作為員工報到的必備條件。另外，企業可以與員工約定，在有效時限內無法提交相應的材料將終止勞動合同。
3。自願放棄社會保險
隨著社會保險基數越來越大，企業與員工要繳納的社會保險費用越來越多，他們的壓力也越來越大。
對於員工來說，每月要從工資中扣除一部分錢繳納社會保險，工資低的員工就不願意參加社會保險，為了多掙些錢，他們自願與企業簽訂放棄社會保險的協議。
從表面上看，員工減少了一筆繳納社會保險的費用，企業也為自己節省了一筆成本。實際上，員工享受社會保障的合法權益受到了損害。
一旦員工反悔舉報企業或是社保稽查，即使企業有《自願放棄社保》協議在手也無法站住腳，最終都會被罰款，而且還會被要求補繳，所以，如果企業遇到員工自願放棄社會保險的情況時，一定不能為了降低所謂的成本而同意這樣做，這種做法是無法得到法律保護的。社會保險是企業和員工必須要向社會保險經辦繳納的，任何企業、任何人不能以任何形式或理由減免的。