根據稅法的規定，個人工資薪金收入由發放工薪的單位代扣代繳。扣繳義務人未按規定代扣代繳稅款的，由稅務機關向納稅義務人追繳稅款（也可向扣繳義務人追繳稅款，且扣繳義務人承擔的該些稅款，不得從企業所得稅應稅所得中扣除），並對扣繳義務人處應扣未扣稅款50%以上3倍以下的罰款。
所以，公司無論以現金還是透過銀行代發工薪的，均應當交納個人所得稅，並由公司從員工工薪中代扣代繳個人所得稅。
根據稅法的規定，個人工資薪金收入由發放工薪的單位代扣代繳。扣繳義務人未按規定代扣代繳稅款的，由稅務機關向納稅義務人追繳稅款（也可向扣繳義務人追繳稅款，且扣繳義務人承擔的該些稅款，不得從企業所得稅應稅所得中扣除），並對扣繳義務人處應扣未扣稅款50%以上3倍以下的罰款。
所以，公司無論以現金還是透過銀行代發工薪的，均應當交納個人所得稅，並由公司從員工工薪中代扣代繳個人所得稅。
共9項需要繳納個人所得稅的情況：
（一）工資、薪金所得；
（二）勞務報酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特許權使用費所得；
（五）經營所得；
（六）利息、股息、紅利所得；
（七）財產租賃所得；
（八）財產轉讓所得；
（九）偶然所得。
居民個人取得前款第一項至第四項所得，按納稅年度合併計算個人所得稅；
非居民個人取得前款第一項至第四項所得，按月或者按次分項計算個人所得稅。
納稅人取得前款第五項至第九項所得，分別計算個人所得稅。
個人工資應納稅所得額=月度收入-5000元（起徵點）-專項扣除（五險一金等）-專項附加扣除-依法確定的其他扣除。
【法律依據】
《個人所得稅法》第二條規定，下列各項個人所得，應當繳納個人所得稅：
（一）工資、薪金所得；
（二）勞務報酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特許權使用費所得；
（五）經營所得；
（六）利息、股息、紅利所得；
（七）財產租賃所得；
（八）財產轉讓所得；
（九）偶然所得。居民個人取得前款第一項至第四項所得，按納稅年度合併計算個人所得稅；非居民個人取得前款第一項至第四項所得，按月或者按次分項計算個人所得稅。納稅人取得前款第五項至第九項所得，依照本法規定分別計算個人所得稅。