主要區別有五點：區別一，是否屬於國家體制內。備案制就是合同制，體制外的，不是正式的。編內是體制內的，正式的。區別二，單位和員工互相選擇的許可權。備案制，單位和員工互相選擇的範圍更大些；編制內，單位和員工互相選擇的範圍很小。區別三，享受的社會保障有差別。備案制，職工按照當地有關的勞動法，可享受五險（即養老保險、醫療保險、失業保險、工傷保險、生育保險）社會保障，但沒有二金（住房公積金和職業年金）；編制內，職工享受的工資待遇，按照人社部門規定的標準來計發，可享受二金五險（即養老保險、醫療保險、失業保險、工傷保險、生育保險和住房公積金、職業年金）的社會保障。區別四，工作的穩定性。備案制，較穩定。編制內，很穩定。區別五，享受的工資待遇。備案制，比常說的合同工的待遇提高。編制內，比備案制員工高。
1、備案制事業單位涵義:是指僅需要向地方政府機構編制部門備案，即可在為事業單位、取得事業單位法人資格的事業單位。
2、備案制事業單位，並不常見於各類事業單位型別中。目前，可以確定的是，根據2017年《事業單位分類改革實施方案》規定，高校和縣級以上公立醫院，保留事業單位屬性，取消編制，實行同工同酬。這兩類事業單位改革，目前在陝西、浙江、江蘇、山西、山東等省和部分省市試點，已經開展試點並且改革完成的高校和縣級以上公立醫院，就是典型的備案制事業單位。
3、2018年，國家要求3000多家國字號醫院與政府脫鉤，備案制事業單位很快進入人們的視野，從以前的十分罕見的現象，變成身邊的普遍存在。公立醫院從業者人數眾多，牽涉面廣，隨著改革的深入，業務範圍的擴大，備案制就會擴充套件開來。
4、高校和各類綜合培訓中心、職校、中專等，其改革方向類似。
5、備案制主要出現在公益二類事業單位中，其財政供養方式是差額，改革的方向，是逐漸擴大差額比例，最終由單位自給自足。
6、備案制事業單位實行同工同酬，同一崗位，收入相同。完全按照各種考核業績、業務量、質量、滿意度等確定工資待遇，能者多勞，多勞者多得，真正實現收入與績效掛鉤，收入與能力掛鉤。同工同酬並不是簡單理解的同一崗位，不管能力高下，同樣收入，而是直接由業績和水平決定。
7、主管部門制定考核方式和薪酬核定方式，並對收入、薪酬發放情況進行監督管理，對單位的公益服務工作進行監測，促進公平、公正、公開。
8、編制類事業單位，是指嚴格按照機構編制部門核定的編制數量，由組織人事部門調配人員，由財政部門供養，發放工資，提供經費。與備案制完全不同。
1、是否有編制：託管教師是沒有編制的，而備案教師是有編制的；
2、待遇不同：託管教師待遇可高可低，由用人單位決定；而備案教師待遇納入財政預算，待遇也相對穩定，一般跟當地公務員或事業單位人員工資差不多；
3、保障不同：託管教師無保障；而備案教師一般福利待遇好，退休後有保障；
4、託管教師是指在學生託管機構擔任託管職位，提供服務的老師；備案教師是指透過事業單位、特崗招考等方式考取錄用的教師，在當地教育局和人事局有備案。