1、法律依據不同。國有獨資企業遵循《全民所有制企業法》，國有獨資公司遵循《公司法》。
2、管理體系不同。國有獨資企業由政府出資，隸屬於政府，實行政府任命或職工選舉並經政府稽核同意的廠長(經理)負責制，注重隸屬關係；國有獨資公司是以“歸屬清晰、權責明確、保護嚴格、流轉順暢”的現代產權制度為指引，建立明確的以資產為紐帶的現代國有產權管理體系。
3、治理結構不同。國有重點大型企業監事會由國務院派出，對國務院負責，代表國家對國有重點大型企業的國有資產保值增值狀況實施監督。
4、管理者角色不同。國有獨資企業的廠長(經理)是上級任命的，是企業法定代表人，在企業生產經營中處於中心地位。國有獨資公司總經理是由董事會聘任，對董事會負責，根據董事會的決策，對企業的日常經營管理工作負全面的責任，董事會與總經理之間是一種聘用關係。
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1、定義
（1）全民所有制企業是指企業財產屬於全民所有的，依法自主經營、自負盈虧、獨立核算的商品生產和經營單位。全民所有制企業又稱為國有企業，但廣義的國有企業還包括國家控股的股份有限公司、有限責任公司和國有獨資公司，全民所有制企業只是國有企業的一種。
（2）國有獨資公司是指國家單獨出資、由國務院或者地方人民政府授權本級人民政府國有資產監督管理機構履行出資人職責的有限責任公司。國有獨資公司符合有限責任公司的一般特徵:股東以其出資額為限對公司承擔責任，公司以其全部法人財產對公司的債務承擔責任。
2、區別
（一）法律依據不同：由遵循《企業法》變為遵循《公司法》
國有獨資公司是按照《公司法》註冊，公司所有權、決策權和經營權分離，權責明晰。
（二）管理體系不同:由注重行政隸屬關係變為注重以資產為紐帶的產權關係
全民所有制企業由政府出資，隸屬於政府，實行政府任命或職工選舉並經政府稽核同意的廠長（經理）負責制，注重隸屬關係；
國有獨資公司是以十六屆三中全會制定的“歸屬清晰、權責明確、保護嚴格、流轉順暢”的現代產權制度為指引，建立明確的以資產為紐帶的現代國有產權管理體系。
（三）治理結構不同：由 “老三會”變更為有機結合“老三會”的“新三會”
全民所有制企業治理結構中的“老三會”是指黨委會、工會、職代會，現代治理結構的“新三會”是指股東會、董事會、監事會。
法律依據不同國有獨資企業遵循《全民所有制企業法》，國有獨資公司遵循《公司法》。
管理體系不同國有獨資企業由政府出資，隸屬於政府，實行政府任命或職工選舉並經政府稽核同意的廠長(經理)負責制，注重隸屬關係;國有獨資公司是以“歸屬清晰、權責明確、保護嚴格、流轉順暢”的現代產權制度為指引，建立明確的以資產為紐帶的現代國有產權管理體系。
治理結構不同國有重點大型企業監事會由國務院派出，對國務院負責，代表國家對國有重點大型企業的國有資產保值增值狀況實施監督。
(管理者角色不同國有獨資企業的廠長(經理)是上級任命的，是企業法定代表人，在企業生產經營中處於中心地位。國有獨資公司總經理是由董事會聘任，對董事會負責，根據董事會的決策，對企業的日常經營管理工作負全面的責任，董事會與總經理之間是一種聘用關係。法律依據：《中華人民共和國公司法》第六十五條 國有獨資公司的設立和組織機構，適用本節規定；本節沒有規定的，適用本章第一節、第二節的規定。本法所稱國有獨資公司，是指國家單獨出資、由國務院或者地方人民政府授權本級人民政府國有資產監督管理機構履行出資人職責的有限責任公司。