1、賣房主體不合法或不合格。如果是夫妻雙方或者數人的共有房屋，出售者沒有徵得其它共有人的同意，私自出賣共有房屋，即賣房者主體不合法或不合格，易引起糾紛。
2、買房主體不合法或不合格。在某些城市中規定不具有本市戶口的不得購買安置房，還有的城市規定沒有大陸戶口的不得購買本市安置房等，買房主體必須合格才能購房，若不合格就會產生糾紛。
3、房屋質量不合格。安置房的房屋質量與一般的商品房相比，比較令人擔憂，所以如果安置房的房屋質量經檢測後，結果是不合格，那也會引起糾紛。
4、房屋性質不同。因房屋的性質不同，也往往發生糾紛，比如軍隊、鐵路和某些未經過房改的單位的房屋一般不允許買賣，特別是不允許賣給外單位、外系統；某些地方規定公房房改後的一定年限內不允許買賣，如果買賣，必須首先賣給原單位，或者經過原單位的批准等，所以一旦購買就會引起糾紛。
5、房屋買賣合同無效。因房屋買賣合同的效力發生糾紛的案例很多，造成房屋買賣合同無效的情況也比較複雜。有些房屋的買賣在雙方簽訂合同或交付房屋時，政策不允許對該房屋買賣，那麼房屋買賣合同就會被視為無效，這時就容易產生糾紛。
二手房買賣的費用有交易手續服務費、過戶登記費、過戶土地收益金、過戶核檔費、過戶契稅、過戶印花稅、過戶營業稅及附加以及過戶個人所得稅等。
交易手續費是住宅6元一平方米，非住宅10元一平方米，買賣雙方各承擔一半。過戶登記費是普通二手房住宅類為80元一套，買方承擔。過戶土地收益金是房改房、經濟適用房、安居工程房買賣過戶時收取，按房屋正常成交價的2%計徵，賣方承擔。過戶核檔費是50元一宗。過戶契稅的稅率為3%，按正常交易成交價格計徵，個人購買的自用普通住宅的契稅稅率減半，按1.5%徵收，拆遷居民因拆遷重新購置二手房的對相當於拆遷補償款的部分免徵契稅，成交價格超過拆遷補償款的，對超過部分徵收契稅，買方承擔。印花稅的稅率1‰，按正常交易成交價格計徵，交易雙方各承擔一半。過戶營業稅及附加是房產證不到兩年時間過戶，營業稅不能享受優惠減免，需要按轉讓收入減去購買住房原價的差額徵收營業稅。過戶個人所得稅的稅率是20%，按財產轉讓所得計徵。
安置房買賣要注意的事項有：
1、要檢視安置房的房產證,產權人是誰;
2、如果沒有房產證,一定要看拆遷協議以及其他手續,並在合同里約定協助辦理房產證,否則承擔違約責任;
3、簽訂買賣合同時除了一般條款外,還要明確支付方式以及延遲交房等事項;
4、最好將買賣協議進行公證,降低風險。
【法律依據】
《中華人民共和國土地管理法》第63條規定“農村集體所有的使用權不得出讓、轉讓或者出租用於非法農業建設。”