1、先把菸斗擱在一旁，等其完全冷卻下來（千萬不要在菸斗還發燙，甚至只是微溫時，拆開菸嘴！）。可以不急於清除缽中的菸灰及煙 草殘屑，因為乾燥的菸灰可以吸收一下水汽。菸斗涼透後，把菸灰和吸剩的菸草殘渣，用三合一工具中的小勺小心挖淨，動作要輕，不要傷及內壁和積炭。必要時，還可以動用手指。千萬不要把菸斗猛磕在硬物上，這樣會損壞飾面，甚至令斗柄開裂！可以用柔軟的手掌代勞。
2、每次把冷卻後的菸斗拆開，這樣能清理得更仔細、乾淨；榫口的死角，也用蘸過菸斗清潔液的化妝棉片清潔。然後，用一條幹淨的通條，蘸些清潔液，經菸嘴直達缽底小孔，並旋轉通條，令其充分吸收殘留的焦油。另外再用一到多條幹燥的通條，重複以上步驟，以吸乾水分。另外可以把乾燥的通條留在煙道內過夜，進一步吸收溼汽。也可以把用過的通條，折成“U”形，清除附在缽壁上的菸灰（有不少人，包括我自己在內，喜歡把那少許菸灰留在缽壁，因為菸灰的化學成份也是碳，長此以往，可能有利於炭餅的積存；而乾燥花白的菸灰還可不停地吸收鬥缽的水分，一舉兩得）。
3、要注意的是，清潔液千萬不要沾到菸斗飾面及菸嘴上：因其多少含有酒精，會把蠟質溶掉，使表面變得暗啞無光，影響美觀；高濃度酒精所到之處，甚至會溶掉著色，造成飾面顏色深淺不一。
4、清理過後，把菸斗放在空氣迴圈較佳的地方，讓其自然乾燥（休息）。另外，一但把菸斗拆開後，溼潤的木質榫眼會發脹，所以不宜馬上硬要裝回。
5、隨著煙油不斷積聚在鬥缽內壁，並且氧化，菸斗累計抽過五到十次後，可能會散發出令人不快的酸味道。這時，是時候進行徹底的大掃除了。
6、把菸斗小心拆開，如上敘述，用蘸過清潔液的通條清理煙道，並用化妝棉片小心擦洗榫口殘留的“膠物”及菸斗內缽壁（動作要輕，不要把積炭都洗掉了）。如果變味較嚴重，我的偏方是：用棉片仔細襯入內缽壁，小心淌些白蘭地，這時，浸潤了的棉片就會緊緊地附在鬥壁，煙油就被酒精慢慢地萃取出來，稍待 10 到 30 分鐘，等水分完全揮發後，再把褐黃的棉片抽出。
7、也許您還聽說過鼎鼎大名的“‘酒精和鹽’菸斗除味復甦法”。這種方法，非常有效，不過具體操作比較麻煩，而且也有一定的風險。據說，大概有 1％ 的機會使斗柄開裂，尤其是菸斗本身有難以察覺的絲裂時，或者過程中容許混合物進入斗柄部分，又或者處理的時間過長，如幾天，甚至一個星期時間…… 所以，用此法處理價值特別高，或者個人意義特別大的菸斗時，就請三思而後行了。這裡簡單介紹一下：
（1）準備材料
包括：無碘食鹽（專供甲亢病人食用，為處方用品。其實一般的食鹽，含碘量極低，代用也並無不可），酒精（95％ 的最好，純度愈高，揮發愈快）各適量。另外，最好準備毛巾或紙巾，吸收可能滲漏出的酒精，以免令飾面變得暗啞無光。
（2）準備菸斗
先把菸斗徹底清理乾淨。然後，既可把菸斗拆開，再用通條塞住斗柄；也可以不拆菸斗，保持原狀。接著，找個穩定的地方，把菸斗稍為樹立起來，斜度標準是使酒精和鹽既不至於從鬥缽口滲漏出來，也不能透過斗柄流出。這時，直式菸斗尤其要細心調節位置。
（3） 用鹽填滿鬥缽
至於斗柄部分，如上述，有些人用通條塞住；也有些人乾脆也用鹽填滿斗柄，以獲取最佳效果。兩種都可以試試。
（4） 把鹽填滿後，可以注入酒精了
也有幾種不同的方式，殊途同歸：
（A) 用滴管或眼藥水瓶，滴 8 到 10 滴酒精；
（B) 小心、慢慢地往鬥缽注酒精，直到剛漫過鹽層為止；
（C) 分 3 到 5 層，逐層填鹽，逐層滴數滴酒精（經試驗，我覺得這種方式較科學）；
（D) 先往鬥缽倒酒精，直至半滿，然後用食鹽填至缽緣；
要注意的一點是，酒精寧缺毋濫，以免其順著洞口滲漏，傷及飾面。
（5） 下一步是耐心靜待
當然，酒精越多，揮發時間就越長。有人建議要等酒精完全揮發殆盡，這需要等上 8 個小時到幾天時間。有人則認為無須待其完全揮發。作者 提出一種可行的方案是，在填滿食鹽的鬥缽中，滴 10 到 15 滴酒精，大約等 24 小時，讓酒精揮發，效果比較理想。
（6） 等待過後，可以去除乾結的鹽塊和殘留的酒精了。
用菸斗工具剔去呈黑褐色的鹽硬塊。我們可以觀察到，炭餅中積存的難聞的煙油，被酒精萃吸出來，並與食鹽融合在一起了。炭餅越厚，鹽塊越黑。不要把辛苦積起的炭餅也一併除掉。炭餅是人和煙 草共同努力的結果，可以保護鬥壁，降低燃燒溫度，以及令煙 草的口感更醇和，甜潤。一定要把殘餘的鹽粒徹底清除乾淨，可以用傾倒，輕刮，猛吹，或用刷子掃除等方式進行。
最後再用通條徹底地把殘藏在死角的每一粒鹽清除出來。由於疑心鹽分會對木質有一定的腐蝕作用，我一般會再用白蘭地小心抹洗鬥缽及斗柄的內部，然後再讓菸斗自然風乾一兩天，方才使用。