1、對於每一個發酵過程而言，汙染的雜菌種類的影響是不同的。如在抗生素的發酵過程中，青黴素的發酵汙染細短產氣桿菌比粗大桿菌的危害更大；鏈黴素的發酵汙染細短桿菌、假單胞桿菌和產氣桿菌比汙染粗大桿菌更有危害；四環素的發酵過程最怕汙染雙球菌、芽孢桿菌和夾膜桿菌；檸檬酸的發酵最怕青黴菌的汙染；穀氨酸發酵最怕噬菌體汙染。
2、因噬菌體蔓延迅速，難以防治，容易造成連續汙染。若汙染的雜菌是耐熱的芽孢桿菌，可能是由於培養基或裝置滅菌不徹底、裝置存在死角等引起；若汙染的是球菌、無芽孢桿菌等不耐熱雜菌，可能是
1、對於每一個發酵過程而言，汙染的雜菌種類的影響是不同的。如在抗生素的發酵過程中，青黴素的發酵汙染細短產氣桿菌比粗大桿菌的危害更大；鏈黴素的發酵汙染細短桿菌、假單胞桿菌和產氣桿菌比汙染粗大桿菌更有危害；四環素的發酵過程最怕汙染雙球菌、芽孢桿菌和夾膜桿菌；檸檬酸的發酵最怕青黴菌的汙染；穀氨酸發酵最怕噬菌體汙染。
2、因噬菌體蔓延迅速，難以防治，容易造成連續汙染。若汙染的雜菌是耐熱的芽孢桿菌，可能是由於培養基或裝置滅菌不徹底、裝置存在死角等引起；若汙染的是球菌、無芽孢桿菌等不耐熱雜菌，可能是
染菌途徑：
水源汙染；種子帶菌；培養基及裝置消毒不夠；裝置破損；空氣系統；在取樣、補料、消泡或控制過程中操作不當。防治方法：徹底滅菌，水和空氣進入發酵過程前應做正規處理，儀器要滅菌，培養基也要徹底滅菌。
工業發酵使用的菌種多為好氧菌。
一般說來，發酵初期菌體大量增殖， 氧氣消耗大，菌體主要利用的是溶解於水中的氧，所以增加培養基中的溶解氧可以滿足代謝的需要。
提高溶氧濃度的措施有：
1、調節攪拌轉速或通氣速率來控制供氧，發酵罐中採用空氣分佈管來分散空氣，提高通氣效率。
2、在傳統發酵中經常採用打耙、翻缸、倒醅、封缸、料醅疏鬆或壓緊、開窗換氣等措施來提高氧的供給量。
3、同時要有適當的工藝條件來控制菌體的需氧量，使生產菌的生長和產物形成對氧的需求量不超過裝置的供氧能力，使生產菌發揮出最大的生產能力。